| 丹参基因组SSR的开发及其多态性分析 |
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| 引用本文： | 冯园园,郭林林,金花,倪大鹏,王志芬,宋振巧. 丹参基因组SSR的开发及其多态性分析[J]. 时珍国医国药, 2019, 0(4): 970-972 |
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| 作者姓名： | 冯园园 郭林林 金花 倪大鹏 王志芬 宋振巧 |
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| 作者单位： | 山东农业大学农学院;山东省农业科学院原子能农业应用研究所 |
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| 基金项目： | 山东省现代农业产业技术体系项目(SDAIT-20-04);山东省重点研发计划(2016ZDJS07A22) |
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| 摘 要： | 目的通过开发丹参基因组SSR标记并验证其有效性,为丹参的分子标记的开发应用提供依据。方法利用Illumina-HiSeq 2000高通量测序技术对山农丹参1号(SNDS1)进行简化基因组测序,对得到的序列利用生物信息学手段进行拼接后查找开发SSR;利用PCR技术检测引物扩增效率。结果共获得2.40Gb的丹参基因组序列,设计开发重复单元长度为2～6碱基的SSR 6000多个;其中2碱基重复和3碱基重复的微卫星单元较丰富;合成600对SSR引物,在丹参上的有效扩增率达85%,经双亲和杂交子代验证其中53%以上的标记具有多态性。结论开发的基因组SSR具有较高的多态性,这在一定程度上大大丰富了在丹参上可以利用的基因组SSR标记。
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| 关 键 词： | 丹参 基因组SSR HiSeq 2000 微卫星 多态性 |
Genomic SSR marker development of Salvia miltiorrhiza and polymorphism analysis |
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| FENG Yuan-yuan,GUO Lin-lin,JIN Hua,NI Da-peng,WANG Zhi-fen,SONG Zhen-qiao. Genomic SSR marker development of Salvia miltiorrhiza and polymorphism analysis[J]. Lishizhen Medicine and Materia Medica Research, 2019, 0(4): 970-972 |
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| Authors: | FENG Yuan-yuan GUO Lin-lin JIN Hua NI Da-peng WANG Zhi-fen SONG Zhen-qiao |
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| Affiliation: | (Agronomy College,Shandong Agricultural University,Tai’an Shandong 271018,China;Institute for Application of Atomic Energy,Shandong Academy of Agricultural Sciences,Ji'nan Shandong 250100,China) |
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| Abstract: | FENG Yuan-yuan;GUO Lin-lin;JIN Hua;NI Da-peng;WANG Zhi-fen;SONG Zhen-qiao(Agronomy College,Shandong Agricultural University,Tai’an Shandong 271018,China;Institute for Application of Atomic Energy,Shandong Academy of Agricultural Sciences,Ji'nan Shandong 250100,China) |
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| Keywords: | Salvia miltiorrhiza Genomic SSR HiSeq 2000 Microsatellites Polymorphism |
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