日本血吸虫侵袭前后的湖北钉螺转录组研究I RNA-Seq数据的de novo拼接 |
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作者姓名: | 秦志强 莫筱瑾 官威 李石柱 |
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作者单位: | 中国疾病预防控制中心寄生虫病预防控制所,卫生部寄生虫病原与媒介生物重点实验室,科技部国家级热带病国际联合研究中心,世界卫生组织热带病合作中心(上海 200025) |
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基金项目: | 国家自然科学基金(81101280);国家传染病重大专项(2012ZX10004220、 2012ZX10004?201);中英全球卫生项目(202708) |
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摘 要: | 目的利用基于RNA-seq的二代测序技术分析日本血吸虫侵袭前后的湖北钉螺转录组的表达,为进一步完善湖北钉螺基因结构信息及挖掘血吸虫感染钉螺相关分子标记提供实验数据。方法分别提取日本血吸虫毛蚴感染后第7天、第30天湖北钉螺组织和正常钉螺组织的总RNA,经RNA质量检测合格后建立e DNA文库,利用Illumina NextSeq500测序仪进行测序得到原始序列数据;测序数据经过滤和de novo拼接后,进一步开展转录本注释和聚类分析。结果共得到63 686条广泛通用的基因数据(Unique gene,Unigene),基因功能注释及功能群组聚类分析结果显示,一般性功能蛋白质编码Unigene占比最多(15.36%),其次是信号转导(11.75%)、转录后修饰(8.89%)等,此外还有较高比例的未知功能蛋白质编码Unigene(12.20%)。结论日本血吸虫侵袭后的湖北钉螺转录组表达信息显示有数个基因呈显著性上调或下调表达,本研究为从分子水平研究湖北钉螺与血吸虫感染相互作用奠定了基础。
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关 键 词: | 日本血吸虫;湖北钉螺;RNA 测序;de novo拼接;转录组 |
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