| 骨肉瘤血清标志蛋白筛选及对RNA聚合酶Ⅲ多肽F的初步生物信息学分析 |
| |
| 引用本文： | Li GD,Cai ZD,Ma XJ,Sun MX,Li J,Sun W,Hua YQ. 骨肉瘤血清标志蛋白筛选及对RNA聚合酶Ⅲ多肽F的初步生物信息学分析[J]. 中华肿瘤杂志, 2011, 33(11): 836-841. DOI: 10.3760/cma.j.issn.0253-3766.2011.11.008 |
| |
| 作者姓名： | Li GD Cai ZD Ma XJ Sun MX Li J Sun W Hua YQ |
| |
| 作者单位： | 同济大学附属第十人民医院骨科,上海,200072 |
| |
| 基金项目： | 上海市自然科学基金,教育部博士点基金,上海市卫生局面上基金,同济大学优秀青年课题项目 |
| |
| 摘 要： | 目的 筛选潜在的骨肉瘤血清蛋白标志物,对候选标志基因RNA聚合酶Ⅲ多肽F(POLP3F)进行初步生物信息学分析.方法 分别利用人类基因组芯片和表面增强激光解析电离飞行时间质谱技术(SELDI-TOF MS)筛选骨肉瘤细胞株以及骨肉瘤患者血清中差异表达的基因和标志蛋白.运用Link-test统计学方法对比基因芯片和SELDI-TOF MS数据,寻找骨肉瘤的血清诊断标志蛋白.用MATLAB软件对POLR3F的启动子和3′-UTR区域进行生物信息学分析,寻找转录因子和微小RNA(miRNA)靶位点.结果 与对照组相比,有653个基因在骨肉瘤细胞中的表达差异倍数在2倍以上.SELDI-TOF MS显示,在骨肉瘤患者血清中有6个差异表达的质谱峰.通过Link-test分析,共鉴定出13个差异表达的骨肉瘤血清标志蛋白.POLR3F的启动子区存在保守的信号转导和转录激活因子3(STAT3)结合位点,在3′-UTR保守区域含有1个miRNA靶位点.结论 Link-test能够有效地从转录组和蛋白质组数据中筛选骨肉瘤标志蛋白.POLR3F有可能成为骨肉瘤早期诊断的标志蛋白和骨肉瘤治疗的新靶点.
|
| 关 键 词： | 骨肉瘤 Link-test统计学方法 RNA聚合酶Ⅲ多肽F 血清 生物标志物 诊断 |
Screening of serum marker proteins in osteosarcoma and preliminary bioinformatic analysis on POLR3F |
| |
| Li Guo-dong,Cai Zheng-dong,Ma Xiao-jun,Sun Meng-xiong,Li Jian,Sun Wei,Hua Ying-qi. Screening of serum marker proteins in osteosarcoma and preliminary bioinformatic analysis on POLR3F[J]. Chinese Journal of Oncology, 2011, 33(11): 836-841. DOI: 10.3760/cma.j.issn.0253-3766.2011.11.008 |
| |
| Authors: | Li Guo-dong Cai Zheng-dong Ma Xiao-jun Sun Meng-xiong Li Jian Sun Wei Hua Ying-qi |
| |
| Affiliation: | Department of Orthopaedics, Shanghai Tenth People's Hospital, Shanghai, China. litrue2004@yahoo.com.cn |
| |
| Abstract: | |
| |
| Keywords: | Osteosarcoma Link-test POLR3F Serum Biomarker Diagnosis |
| 本文献已被 万方数据 PubMed 等数据库收录！ |
|
