| 摘 要： | 目的预测广州地区人巨细胞病毒(HCMV)临床低传代UL144基因B细胞表位。方法应用生物信息学方法,改进型自我优化预测结构(SOPMA),Garnier-Osguthorpe-Robson(GOR),人工神经网络预测法(HNN)预测二级结构,隐马尔可夫模型(TMHMM)预测跨膜结构,分别用HoppWoods、Zimmerman、Janin、Welling、Flexibility预测亲水性、极性、可及性、抗原性、柔韧性。结果预测HCMV UL144编码产物包含176个氨基酸残基,等电点为8.97。二级结构预测结果显示:β-转角及无规则卷曲主要位于31-42、57-63、71-78、87-93、96-100、127-131氨基酸区域。TMHMM预测UL144氨基酸序列为一次跨膜蛋白,其跨膜区域为134-156氨基酸区域,胞外及胞内区域分别为:1-133、157-176氨基酸区域。亲水性位于39-47、108-117、124-131、157-164区域;表面可及性区域为22-30、39-50、94-103、105-132、156-164;极性区域位于17-37、39-54、69-77、81-89、94-104、106-136、156-164;抗原性区域位于21-26、97-102、107-125、127-136;柔韧性区域位于27-47、56-71、85-95、101-106、108-118、123-131、156-172。结论综合各项参数,UL144基因106-125、94-102、21-30氨基酸区域抗原指数(AI)较高,预测该区域内或其附近为B细胞表位的位点。
|
