H22肿瘤细胞aptamer的筛选与结构分析

目的：获得与H22肿瘤细胞特异性结合的aptamer。方法：利用SELEX技术，以小鼠DC细胞为反筛选细胞，以H22肿瘤细胞为靶细胞，从体外合成的80bp随机单链DNA文库中筛选出能与H22肿瘤细胞特异结合的aptamer。采用荧光标记引物法检测aptamer与H22肿瘤细胞的亲和力：所获得的aptamer采用MACAWv2．05软件进行aptamer序列的一级结构同源序列比较，用DNASISv2．5软件计算分析序列最低二级结构能量值，获得其二级结构模拟图。结果：本实验设计的文库序列：5’-CGTCGCTGCACATTCCG—N46-CGCACAGCTGGGAGTAC-3’具有较高的扩增效率，适合于aptamer与以细胞为靶物质的筛选。经过11轮循环筛选，随机单链DNA文库与靶细胞结合的荧光强度从1％上升到59％，结合曲线进入平台期，表明结合已基本处于稳定状态，因此可以判断aptamer与靶细胞的结合基本已经处于饱和状态：对所获得的32个aptamer进行测序，然后进行一级结构和二级结构分析。一级结构分析获得5个保守序列：AGGGA、AGAAGG、GTGAXAA、ATAGT、CAAGG，其余10个aptamer无同源序列。二级结构分析表明，aptamer形成的茎环、凸环结构可能是与H22肿瘤细胞特异性结合的结构基础。亲和力检测结果表明第24号aptamer具有最强的亲和力。结论：利用随机单链寡核苷酸文库成功获得与H22肿瘤细胞特异结合的aptamer，其一级和二级结构与亲和力密切相关。

Screening, cloning and structure analysis of aptamer binding to H22 tumor cells