广元市3例本土病例新冠病毒基因特征和溯源分析

目的 分析本土病例新冠病毒病毒基因特征，结合流行病学开展溯源调查，为疫情的精准防控提供技术支撑。方法 对广元市2022年7月报告的3例新型冠状病毒感染病例，采集咽拭子标本，用实时荧光定量PCR检测标本中的新型冠状病毒核酸，用高通量测序技术进行新冠病毒全基因组测序，确定病毒型别，分析基因变异特征，和国内疫情毒株序列比对，结合流行病学史，进行溯源分析。结果 广元市7月报告的3例新冠病毒阳性病例，病毒Pangolin分型均属Omicron变异株BA.2.38进化分支。与武汉01(MN908947.3)参考序列相比，病例A、B有70个核苷酸突变位点，病例C有69个核苷酸突变位点，突变主要集中在S区（刺突蛋白区）。经比对与甘肃“07.08”疫情病毒序列同源。与国内山东、上海、北京等地的部分基因序列相近。结论 对疫情早期病例、关键病例开展新冠病毒基因测序，分析基因特征和进化来源，为流调溯源指明方向，快速锁定传染源，查找传播链，为疫情防控提供有力技术支撑。