| 西尼罗病毒Chin-01株基因组非编码区的序列测定及分析 |
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| 引用本文： | 李晓峰,姜涛,陈水平,韩剑峰,邓永强,秦成峰,于曼,秦鄂德. 西尼罗病毒Chin-01株基因组非编码区的序列测定及分析[J]. 解放军医学杂志, 2008, 33(7): 829-832 |
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| 作者姓名： | 李晓峰 姜涛 陈水平 韩剑峰 邓永强 秦成峰 于曼 秦鄂德 |
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| 作者单位： | 军事医学科学院微生物流行病研究所、病原微生物生物安全国家重点实验室,北京,100071;军事医学科学院微生物流行病研究所、病原微生物生物安全国家重点实验室,北京,100071;军事医学科学院微生物流行病研究所、病原微生物生物安全国家重点实验室,北京,100071;军事医学科学院微生物流行病研究所、病原微生物生物安全国家重点实验室,北京,100071;军事医学科学院微生物流行病研究所、病原微生物生物安全国家重点实验室,北京,100071;军事医学科学院微生物流行病研究所、病原微生物生物安全国家重点实验室,北京,100071;军事医学科学院微生物流行病研究所、病原微生物生物安全国家重点实验室,北京,100071;军事医学科学院微生物流行病研究所、病原微生物生物安全国家重点实验室,北京,100071 |
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| 基金项目： | 国家重点基础研究发展计划(973计划) |
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| 摘 要： | 目的对西尼罗病毒(WNV)Chin-01株基因组非编码区(UTR)序列进行测定,了解其与已报道毒株的序列差异及系统发育关系。方法采用5′和3′RACE法对Chin-01株病毒基因组的UTR进行RT-PCR扩增,测定扩增产物序列,采用DNAstar软件对该株及其他9株WNV的UTR进行序列同源性分析,同时构建了基于3′UTR的系统发育树,并用RNA structure软件预测其二级结构。结果Chin-01株基因组5′和3′UTR分别为96nt和630nt,序列同源性分析的结果表明,其5′UTR与其他9株的同源性均达到99%或100%,而3′区UTR与埃及Eg101株的同源性最高,达98·1%。5′UTR的起始核苷酸为AG,并含有一段与3′UTR互补的14nt序列。3′UTR的末端为CUOH,包含一段完全保守的5nt序列,以及三个保守的称为CS2、RCS2和CS1的基序。二级结构预测发现,Chin-01株5′UTR呈长茎环结构,3′UTR的3′端也可形成多个保守的茎环结构。结论Chin-01株与埃及Eg101株亲缘关系最为密切。
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| 关 键 词： | 西尼罗病毒 非翻译区 序列分析 蛋白质结构 二级 |
Determination and analysis of the sequence of untranslated region of West Nile virus Chin-01 RNA |
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| Li Xiaofeng,Jiang Tao,Chen Shuiping,et al.. Determination and analysis of the sequence of untranslated region of West Nile virus Chin-01 RNA[J]. Medical Journal of Chinese People's Liberation Army, 2008, 33(7): 829-832 |
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| Authors: | Li Xiaofeng Jiang Tao Chen Shuiping et al. |
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| Affiliation: | Li Xiaofeng,Jiang Tao,Chen Shuiping,et al. State Key Laboratory of Pathogen and Biosecurity,Institute of Microbiology and Epidemiology,Academy of Military Medical Sciences,Beijing 100071,China |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | West Nile virus untranslated regions sequence analysis protein structure secondary |
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