| 系列RNA-seq数据的表达模式聚类方法研究 |
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| 引用本文： | 赵辉,曹峰林,宁尚伟,王乐天,宿滨,李霞. 系列RNA-seq数据的表达模式聚类方法研究[J]. 医学分子生物学杂志, 2013, 10(1): 41-46 |
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| 作者姓名： | 赵辉 曹峰林 宁尚伟 王乐天 宿滨 李霞 |
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| 作者单位： | 赵辉 (哈尔滨医科大学生物信息科学与技术学院,哈尔滨市,150081哈尔滨医科大学附属第一临床医学院,卫生部细胞移植重点实验室,黑龙江省血液肿瘤研究所,血液肿瘤,中心,哈尔滨市,150001)； 曹峰林 (哈尔滨医科大学附属第一临床医学院,卫生部细胞移植重点实验室,黑龙江省血液肿瘤研究所,血液肿瘤,中心,哈尔滨市,150001)；宁尚伟 (哈尔滨医科大学生物信息科学与技术学院,哈尔滨市,150081)；王乐天 (哈尔滨医科大学生物信息科学与技术学院,哈尔滨市,150081)；宿滨 (哈尔滨医科大学生物信息科学与技术学院,哈尔滨市,150081)； 李霞 (哈尔滨医科大学生物信息科学与技术学院,哈尔滨市,150081)； |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金(项目编号：61170154,91129710)高等学校博士学科点专项科研基金(项目编号：20102307120027,20102307110022) |
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| 摘 要： | 目的转录组测序技术为研究特定组织细胞生理状态和分子水平变化提供有力方法。为了建立分子水平变化和组织细胞生理功能之间的关系并排除随机因素的干扰，需要建立基于系列RNA-seq数据的表达模式分析方法。方法本文提出了一种整合的方法（geneexpressionclustermethod，GECluster）用于对系列样本模式聚类。整合曲线拟合以及信息熵建立模型并提取特征属性，最后按照上面模型提供的特征属性对基因进行层次聚类分析。结果表达趋势一致的基因被很好地聚到一个类别中，功能富集分析发现这些基因具有很强的功能相关性，并与文献报道相吻合。结论GECluster可以更灵活客观对多样本系列RNA—seq数据挖掘共表达基因，为后期功能分析提供了更有效的研究方案。
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| 关 键 词： | 转录组测序 曲线拟合 信息熵 聚类分析 |
Gene Expression Pattern Clustering for Serial RNA-seq Libraries |
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| ZHAO Hui,CAO Fenglin,NING Shangwei,WANG LetianI,SU Bin,LI Xia. Gene Expression Pattern Clustering for Serial RNA-seq Libraries[J]. Journal of Medical Molecular Biology, 2013, 10(1): 41-46 |
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| Authors: | ZHAO Hui CAO Fenglin NING Shangwei WANG LetianI SU Bin LI Xia |
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| Affiliation: | 1College of Bioinformatics Science and Technology, Harbin Medical University, Harbin, 150081, China 2 Key Lab of Cell Transplantation of Ministry of Health ＆ Institute of Hematology and Oncology of Hei- longfiang Province ＆ Department of Hematology, The First Affiliated Hospital, Harbin Medical Uni- versity, Harbin, 150081, China) |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | RNA-seq polynomial fitting Shannon＇ s entropy hierarchical clustering |
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