基于生物信息学方法筛选高砷暴露人群的关键基因 |
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引用本文: | 刘聪,李梦昕,李昕晔,赵凡,崔梦宇,郭志伟.基于生物信息学方法筛选高砷暴露人群的关键基因[J].医学动物防制,2023(7):613-619. |
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作者姓名: | 刘聪 李梦昕 李昕晔 赵凡 崔梦宇 郭志伟 |
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作者单位: | 1. 内蒙古医科大学公共卫生学院;2. 内蒙古自治区综合疾病预防控制中心 |
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摘 要: | 目的 利用生物信息学方法筛选高砷暴露人群关键基因及相关信号通路。方法 从高通量基因表达(gene expression omnibus, GEO)数据库下载GSE110852数据集,通过GEO2R在线工具筛选差异表达基因(differentially expressed genes, DEGs),应用R语言绘制火山图和热图。应用注释、可视化和综合发现数据库(the database for annotation, visualization and integrated discovery, DAVID)对DEGs进行基因本体(gene ontology, GO)和京都基因和基因组数据库(kyoto encyclopedia of genes and genomes, KEGG)通路富集分析,使用R语言绘制结果气泡图。通过基因/蛋白相互作用检索搜查工具(search tool for the retrieval of interacting genes/proteins, STRING)数据库构建差异表达基因的蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interactio...
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关 键 词: | 生物信息学 高砷暴露人群 关键基因 GEO数据库 地方性砷中毒 |
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