| 柯萨奇病毒B组5型感染的人恶性胚胎横纹肌肉瘤细胞系lncRNA表达谱分析 |
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| 引用本文： | 滕培英,李静,师玉露,杨帆,欧霞,陈伟.柯萨奇病毒B组5型感染的人恶性胚胎横纹肌肉瘤细胞系lncRNA表达谱分析[J].基础医学与临床,2022,42(1):68-74. |
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| 作者姓名： | 滕培英 李静 师玉露 杨帆 欧霞 陈伟 |
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| 作者单位： | 昆明理工大学 医学院,云南 昆明650500 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金(81860357)。 |
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| 摘 要： | 目的探索柯萨奇病毒B组5型(CVB5)感染人恶性胚胎横纹肌肉瘤细胞系(RD)中差异长链非编码RNA(lncRNA)表达谱,为研究CVB5与宿主之间相互作用分子机制提供参考。方法 CVB5按感染复数(MOI)为1接种RD细胞24 h后提取总RNA。采用转录组测序技术获取细胞中lncRNA差异表达谱;通过聚类分析、GO分析和KEGG通路富集对差异表达转录本进行了生物信息学分析。同时,利用RNAfold软件对lncRNA进行了二级结构预测。结果与对照组相比,CVB5感染RD细胞后,共有1 754个mRNAs和508个lncRNA呈上调表达,3 106个mRNAs和760个lncRNA呈下调表达。差异表达lncRNA的共表达基因主要富集在分子结构活性、蛋白质分子结合和体液免疫反应等生物过程;lncRNA靶基因主要参与嗅觉传导途径、细胞因子受体相互作用和神经活性配体受体相互作用等通路。此外,实时荧光定量PCR验证的7个差异表达lncRNA与测序结果一致。结论 CVB5感染RD细胞后,差异显著性lncRNA主要参与了免疫相关过程,为充分理解lncRNA在CVB5感染中的调控作用奠定了基础。
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| 关 键 词： | 转录组测序技术 柯萨奇病毒B组5型 长链非编码RNA RD细胞 表达谱 |
LncRNA expression profile in human malignant embryonic rhabdomyosarcoma cell line infected with Coxsackie virus group B type 5 |
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| TENG Pei-ying,LI Jing,SHI Yu-lu,YANG Fan,OU Xia,CHEN Wei.LncRNA expression profile in human malignant embryonic rhabdomyosarcoma cell line infected with Coxsackie virus group B type 5[J].Basic Medical Sciences and Clinics,2022,42(1):68-74. |
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| Authors: | TENG Pei-ying LI Jing SHI Yu-lu YANG Fan OU Xia CHEN Wei |
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| Institution: | (School of Medicine, Kunming University of Science and Technology, Kunming 650500, China) |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | RNA sequencing Coxsackie virus group B type 5 long non-coding RNA RD cells expression profile |
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