| 粪便DNA抽提方法的比较研究 |
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| 引用本文： | 吴仲文,韩樱,鲁海峰,李兰娟,盛吉芳,左健. 粪便DNA抽提方法的比较研究[J]. 中华检验医学杂志, 2007, 30(1): 67-71 |
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| 作者姓名： | 吴仲文 韩樱 鲁海峰 李兰娟 盛吉芳 左健 |
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| 作者单位： | 310003,杭州,浙江大学附属第一医院传染科卫生部传染病重点实验室 |
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| 基金项目： | 科技部“973”资助项目（2003CB515506）;浙江省医药卫生优秀青年科技人才专项科研基金资助项目（2003QN005）;浙江省科技厅重点资助项目（2006C23017） |
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| 摘 要： | 目的 比较国际主要微生态实验室4种常用的核酸抽提方法获得的粪便DNA的质量.方法 采用针对目的细菌(总细菌、类杆菌-普氏杆菌属组、双歧杆菌、肠杆菌科细菌及肠球菌)16s rDNA的特异性引物及实时定量PCR方法,分析QIAamp(R)粪便DNA试剂盒法(QIA法)、FastDNA(R) Kit试剂盒法(Fast法)、酚-氯仿-玻璃珠击打法(酚-氯仿-玻珠法)及QIAamp(R) DNA粪便试剂盒+玻璃珠击打法(QIA+玻珠法)4种方法抽提获得的10份人粪便DNA的质与量.结果通用引物特异性扩增粪便总DNA,发现4/10份由酚-氯仿-玻珠法获得的粪便DNA中存在PCR抑制剂,过柱纯化后PCR抑制现象消失.实时定量PCR检测粪便总细菌量,以QIA法与QIA+玻珠法获得的量最高(分别为12.16±0.18,12.05±0.48),而Fast法与酚-氯仿-玻珠法获得的粪便细菌量(分别为11.26±0.40,11.21±0.16)与QIA法相比显著低下(均P＜0.05).采用QIA法(11.63±0.23,8.68±0.51)及QIA+玻珠法(11.67±0.56,8.77±0.56)抽提获得的粪便类杆菌-普氏杆菌及肠杆菌科细菌的DNA量显著高于Fast法(10.67±0.47,7.39±0.51)及酚-氯仿-玻珠法(10.65±0.33,7.40±0.18)(均P＜0.05).对于双歧杆菌,酚-氯仿-玻珠法获得的量显著低下.但对肠球菌而言,以Fast法获得的量最高.结论 实时定量PCR检测结果表明,QIA法及QIA+玻珠法获得的粪便DNA质与量总体上优于Fast法及酚-氯仿-玻珠法,但根据不同的目的细菌群对象可以选择不同的方法.
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| 关 键 词： | 粪便 DNA 聚合酶链反应 |
| 收稿时间： | 2006-05-17 |
A comparison of four methods for extraction of human fecal DNA by using real time PCR |
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| WU Zhong-wen,HAN-Ying,LU Hai-feng,LI Lan-juan,SHENG Ji-fang,ZUO Jian. A comparison of four methods for extraction of human fecal DNA by using real time PCR[J]. Chinese Journal of Laboratory Medicine, 2007, 30(1): 67-71 |
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| Authors: | WU Zhong-wen HAN-Ying LU Hai-feng LI Lan-juan SHENG Ji-fang ZUO Jian |
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| Keywords: | Feces DNA Polymerase chain reaction |
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