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| 基因芯片结合生物信息学筛选辐射损伤恢复期造血相关的枢纽基因 | |
| 引用本文： | 杨悦,张晶,王寅,张金元,王泽剑,沈翰林,殷明,沈旭东.基因芯片结合生物信息学筛选辐射损伤恢复期造血相关的枢纽基因[J].第二军医大学学报,2012,33(12):1293-1300. |
| 作者姓名： | 杨悦 张晶 王寅 张金元 王泽剑 沈翰林 殷明 沈旭东 |
| 作者单位： | 1. 上海交通大学药学院神经药理组,上海200240;解放军455医院内科,上海200052 2. 上海交通大学药学院神经药理组,上海,200240 3. 解放军455医院内科,上海,200052 |
| 基金项目： | 军队医学研究基金 (09MA027, 10MA025). |
| 摘 要： | 目的 研究小鼠在接受亚致死剂量辐射刺激后,在损伤修复阶段小鼠骨髓全基因组表达的改变.方法 以4 Gy 60Co γ射线辐射刺激小鼠,取辐射刺激后0、3、7、11、21 d的小鼠骨髓细胞RNA样本进行基因芯片分析,通过聚类分析、功能分析和动态网络分析等生物信息学方法,全面挖掘在辐射损伤小鼠骨髓的修复阶段起关键作用的基因及其信号通路,并就筛选得到的关键基因的蛋白表达行进一步分析.结果 与未经辐照组相比,辐照损伤后的骨髓组织全基因表达谱显示出1 302个显著性差异基因.通过聚类及功能分析后发现免疫反应(主要是造血作用)的相关基因在辐照损伤修复阶段的机体功能恢复中发挥重要作用.基因芯片结合生物信息学分析构建了显著性差异基因的共表达网络,最终筛选出25个枢纽基因,分别参与了免疫反应(包括造血作用)及转录调节/核小体组装两大生物学过程.重要节点CCL3在辐射后通过自发抑制及增加蛋白水解酶CtsG对其的降解而促进造血干细胞的增殖.结论 基因芯片结合生物信息学分析筛选得到的25个基因可能是辐射损伤反应相关的枢纽基因；重要节点CCL3在辐射后通过自发下调及增加蛋白水解以促进造血干细胞的增殖. |
| 关 键 词： | 实验性辐射损伤 骨髓 造血干细胞 微阵列分析 计算生物学 |
| 收稿时间： | 2012/7/11 0:00:00 |
| 修稿时间： | 2012/11/20 0:00:00 |
Microarray combined with multiple bioinformatics for identifying hub hematopietic genes during recovery phase of irradiation injury |
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| YANG Yue,ZHANG Jing,WANG Yin,ZHANG Jin-yuan,WANG Ze-jian,SHEN Han-lin,YIN Ming and SHEN Xu-dong.Microarray combined with multiple bioinformatics for identifying hub hematopietic genes during recovery phase of irradiation injury[J].Academic Journal of Second Military Medical University,2012,33(12):1293-1300. | |
| Authors: | YANG Yue ZHANG Jing WANG Yin ZHANG Jin-yuan WANG Ze-jian SHEN Han-lin YIN Ming and SHEN Xu-dong |
| Institution: | 1. Group of Neuropharmacology, School of Pharmacy, Shanghai Jiaotong University, Shanghai 200240, China 2. Department of Internal Medicine, No. 455 Hospital of PLA, Shanghai 200052, China*Corresponding authors. |
| Abstract: | |
| Keywords: | experimental radiation injuries bone marrow hematopoietic stem cells microarray analysis computational biology |
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