| 非特异性间质性肺炎相关基因筛选和生物信息学分析 |
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| 引用本文： | 李德峰,毛杨,付万垒. 非特异性间质性肺炎相关基因筛选和生物信息学分析[J]. 中华肺部疾病杂志(电子版), 2022, 15(3): 306-310. DOI: 10.3877/cma.j.issn.1674-6902.2022.03.004 |
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| 作者姓名： | 李德峰 毛杨 付万垒 |
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| 作者单位： | 1. 重庆 400037，陆军（第三）军医大学第二附属医院临床医学研究中心2. 重庆 400037，陆军（第三）军医大学第二附属医院病理科 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金资助项目(82002446) |
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| 摘 要： | 目的通过生物信息学的方法筛选非特异性间质性肺炎(nonspecific interstitial pneumonia, NSIP)的致病基因，为进一步研究提供靶点。 方法从GEO数据库下载基因芯片数据集GSE110147、GSE21369、GSE40839，使用limma包分析工具筛选正常组织与NSIP的差异表达基因。通过clusterProfiler包对差异表达基因进行GO分析和KEGG通路富集分析，找到NSIP发病过程中差异表达基因主要参与的生物功能及其集中的信号通路。利用STRING数据库和CYTOSCAPE软件构建蛋白相互作用网络，使用MCODE软件提取蛋白相互作用网络中的子网络模块。 结果3个数据集的差异表达基因做韦恩图得到3个共同差异表达基因。GO富集分析表明NSIP中上调的差异表达基因主要影响RNA剪接、抗病毒感染、对肽的细胞反应等相关的生物过程，富集的分子主要参与细胞组分的囊腔合成分泌、剪接复合体，富集的分子功能主要参与ATP酶活性，受体配体活性及DNA结合转录激活因子活性。NSIP中下调的蛋白主要涉及转移酶活性调节的生物过程。KEGG通路分析表明NSIP中上调的差异表达基因主要参与PI3K-Akt、人类乳头瘤病毒感染及MAPK等信号通路。 结论利用生物信息学筛选出差异表达基因，可能是NSIP发病机制的新靶点，对诊断治疗NSIP具有临床意义。
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| 关 键 词： | 非特异性间质性肺炎 差异表达基因 生物信息学 |
| 收稿时间： | 2021-10-05 |
Screening and bioinformatics analysis of nonspecific interstitial pneumonia related genes |
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| Defeng Li,Yang Mao,Wanlei Fu. Screening and bioinformatics analysis of nonspecific interstitial pneumonia related genes[J]. Chinese Journal of lung Disease（Electronic Edition）, 2022, 15(3): 306-310. DOI: 10.3877/cma.j.issn.1674-6902.2022.03.004 |
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| Authors: | Defeng Li Yang Mao Wanlei Fu |
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| Affiliation: | 1. Clinical Medical Research Center, Second Affiliated Hospital, Army Medical University, Chongqing 400037, China2. Department of Pathology, Second Affiliated Hospital, Army Medical University, Chongqing 400037, China |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | Nonspecific interstitial pneumonia Differentially expressed genes Bioinformatics |
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