基于全基因组测序对双重耐药幽门螺杆菌外排泵基因变异的研究

背景世界上50%以上的人口感染幽门螺杆菌(Helicobacter pylori, H. pylori).随着抗生素的广泛使用,抗生素耐药成为H. pylori感染患者根除失败的主要原因.目前有不少研究报道外排泵基因过表达和耐药的产生相关.目的为了未来的H. pylori感染治疗有更多方法,探索外排泵基因的变异与双重耐药菌株耐药性产生的内在联系.方法使用13C呼气试验及药物敏感试验进行双重耐药菌株及敏感菌株的筛选,用特异性PCR的常规方法进行耐药基因突变位点的验证,基于Mi Seq平台,对10例临床菌株进行全基因组测序,以鉴定双重耐药表型与敏感表型的外排泵基因的单核苷酸变体(single nucleotide variants, SNV)并分析,参考菌株使用ATCC26695.结果H.pylori药敏试验结果显示,丽水地区H.pylori对克拉霉素及左氧氟沙星都具有较高的耐药率.采用特异性PCR法在5株临床双重耐药菌株中检测到23S r RNA基因及gyr A的点突变,在5株临床敏感菌株中未检测到.全基因测序检测了涉及多耐药性的Tol C同源物的四个基因簇(HP0605-HP0607, HP0971-HP0969,HP1327-HP1329和HP1489-HP1487)的遗传变异.在双重耐药性H. pylori菌株中发现一个突变的SNV.结论丽水地区抗生素使用应严格监控,避免滥用. Tol C同源基因的基因簇与H. pylori菌株的抗生素耐药性相关.全基因组测序对基因型与表型的关系有了新的认识.