高效富集肺癌及癌旁组织转录因子的技术-catTFRE

目的肺癌是中国发病率和死亡率最高的恶性肿瘤,治疗及预后并没有取得太大的进展。研究发现转录因子(transcription factor,TF)与肺癌的发生发展甚至预后关系密切。但在组织水平上大规模鉴定TF存在难度,本文首次利用catTFRE技术对肺癌及癌旁组织的TF进行富集,并初步探讨这些变化调控的生物过程。方法取肺癌及癌旁组织样本,分别提取其的核蛋白,利用TF富集技术catTFRE,对癌及癌旁组织的TF进行富集,同时运用蛋白质组学手段,对表达差异的TF进行动态描绘和定量分析。对于鉴定到的发生变化的TF及蛋白,通过蛋白质组学方法iBAQ、KEGG信号通路等进行生物信息学分析。结果癌症组平均鉴定到1431种蛋白,平均223种TF;癌旁组中平均鉴定到1383种蛋白,平均191种TF。癌症组与癌旁组相比,表达上调的蛋白和TF分别有378种和有108种,表达下调的蛋白和TF分别有245种和50种。对差异表达的TF及蛋白分析发现,如转录因子NFATc1、FOXA1等,VEGF信号通路、Notch信号通路等都与肺癌的发生发展相关。结论 catTFRE可高效富集肺癌及癌旁组织的TF,为接下来大样本、高数量鉴定肺癌组织的TF提供了技术支持,为未来对大规模肺癌的深入研究提供一些重要的依据和基础。