| 基于芯片微阵列数据库对无精子症相关基因挖掘及生物信息学分析 |
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| 引用本文： | 邹自灏,邓楠,潘兆君,代冉冉,郑文忠,刘平,毛向明. 基于芯片微阵列数据库对无精子症相关基因挖掘及生物信息学分析[J]. 中华腔镜泌尿外科杂志(电子版), 2018, 12(5): 347-351. DOI: 10.3877/cma.j.issn.1674-3253.2018.05.014 |
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| 作者姓名： | 邹自灏 邓楠 潘兆君 代冉冉 郑文忠 刘平 毛向明 |
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| 作者单位： | 1. 510280 广州，南方医科大学珠江医院泌尿外科2. 510150 广州，广州医科大学附属第三医院泌尿外科3. 510150 广州，广州医科大学附属第三医院麻醉科 |
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| 摘 要： | 目的从分子水平探讨非梗阻性无精子症的发病机制，为临床诊疗提供新思路。 方法从基因表达综合数据库（GEO）中下载人非梗阻性无精子症的相关基因芯片数据，使用R语言对其进行归一化处理并筛选差异表达基因；使用DAVID及KEGG数据库对其进行差异基因本体功能及信号通路富集分析；通过Cytoscape绘制差异基因共表达网络并使用CytoHubba插件计算筛选核心基因（hub基因）；最后使用ClueGo及Centiscape对核心基因进行富集分析。 结果R语言筛选出518个差异表达基因，其中上调基因271个、下调基因247个；本体功能及信号通路富集分析结果提示这些差异基因在精子发生、精子染色质凝聚、精子顶体膜及囊泡形成、精卵细胞识别、细胞分化、ATP偶联及转录因子结合等生物学过程中发挥重要作用；差异基因共表达网络分析发现GAPDHS，PCSK4，TSSK1B，TSSK2等hub基因在精子发生及分化过程中发挥关键作用。 结论通过多维度挖掘GEO基因芯片数据并系统分析其内在信息，对明确非梗阻性无精子症发病的分子机制具有重要意义。
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| 关 键 词： | 无精子症 数据库 生物信息学 精子 基因 富集分析 |
| 收稿时间： | 2017-07-31 |
Identification of key candidate genes and pathways in azoospermia by integrated GEO microarray database and bioinformatical analysis |
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| Zihao Zou,nan Deng,Zhaojun Pan,Ranran Dai,Wenzhong Zheng,Ping Liu,Xiangming Mao. Identification of key candidate genes and pathways in azoospermia by integrated GEO microarray database and bioinformatical analysis[J]. , 2018, 12(5): 347-351. DOI: 10.3877/cma.j.issn.1674-3253.2018.05.014 |
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| Authors: | Zihao Zou nan Deng Zhaojun Pan Ranran Dai Wenzhong Zheng Ping Liu Xiangming Mao |
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| Affiliation: | 1. Department of Urology, ZhuJiang Hospital of Southern Medical University, Guangdong 510280, China2. Department of Urology, the Third Affiliated Hospital of Guangzhou Medical University, Guangzhou 510150, China3. Department of Anesthesiology, the Third Affiliated Hospital of Guangzhou Medical University, Guangzhou 510150, China |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | Azoospermia Database Bioinformatics Sperm Gene Enrichment analysis |
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