基因芯片数据库GEO与ArrayExpress的使用及比较分析

本文比较了两种常用综合基因芯片数据库GEO与ArrayExpress的使用。从数据库概念与结构、检索、上传与下载方法及数据分析方式等几个方面进行比较分析。两个数据库均分为原始数据库与集成数据库两部分,GEO的原始数据又分别放置于平台、样本和系列中;检索结果内容有很大的相似性;但ArrayExpress同时引用了GEO中的数据;数据上传需要运用数据库自带的上传工具;数据下载可直接在线进行;两个数据库均带有分析工具。两个数据库各有特点,使用者可根据研究需要和自身喜好进行选择或综合利用。