| 体内与体外RNA-RNA相互作用的比较初探 |
| |
| 作者姓名： | 陆启轩 查磊 李宗城 陈临溪 李伍举 应晓敏 |
| |
| 作者单位： | 陆启轩 (南华大学药物药理研究所,湖南衡阳,421001;军事医学科学院基础医学研究所,北京,100850); 查磊 (军事医学科学院基础医学研究所,北京,100850); 李宗城 (军事医学科学院基础医学研究所,北京,100850); 陈临溪 (南华大学药物药理研究所,湖南衡阳,421001); 李伍举 (军事医学科学院基础医学研究所,北京,100850); 应晓敏 (军事医学科学院基础医学研究所,北京,100850); |
| |
| 基金项目： | 国家973计划资助项目(项目编号：2010CB912801),国家自然科学基金资助项目(项目编号：31241404,30901577,81270420,31071157) |
| |
| 摘 要： | 目的通过比较in vitro与in vivo的RNA-RNA相互作用(RNA-RNA interaction,RRI),探究通过in vitroRRI推测in vivo RRI的可靠性。方法采用perl语言编写脚本分析酵母转录组水平in vitro RNA的二级结构信息,得到可能的in vitro RRI,再与酵母的in vivo小核仁RNA(snoRNA)-rRNA相互作用进行比较。结果发现in vitrosnoRNA-rRNA相互作用与in vivo snoRNA-rRNA相互作用的重叠率仅为23.42%(26/111);而in vitro测定的snoRNA双链片段与in vivo测定的参与RRI的snoRNA片段重叠率为38.78%(19/49);in vitro测定的rRNA双链片段与in vivo测定的参与RRI的rRNA片段重叠率为80.70%(46/57)。结论 in vitro和in vivo条件下snoRNA-rRNA的相互作用差异很大,提示in vitro条件下测定的snoRNA-rRNA的相互作用不能真实反映它们在in vivo的相互作用。
|
| 关 键 词： | RNA-RNA相互作用 生物信息学 RNA,小核仁 核糖体RNA |
| 本文献已被 CNKI 等数据库收录！ |
|
