青海省海西州鼠疫自然疫源地分离鼠疫菌株CRISPR基因分型研究

目的 利用DNA规律聚集簇间隔短回文重复序列(Clustered regularlyinter-spaced short palindromic repeats CRISPR)分型方法，全面探索海西地区分离鼠疫菌株是否存在新的基因型，为鼠疫菌溯源鉴定及流行病学分析提供理论依据。方法 分离培养海西地区1961-2009年间取自鼠疫患者、媒介昆虫及中间宿主的50株鼠疫菌后提取其DNA,利用PCR技术，对鼠疫菌CRISPR分型中的YPa、YPb、YPc 3个位点进行扩增，测定其扩增产物核酸序列并进行分析，将测得CRISPR序列与文献最新报道的CRISPR Dictionary和NCBI数据库进行比对，找出新的CRISPR spacer阵列，基因型别，分析其进化关系，最终确定青海省海西州喜马拉雅旱獭鼠疫自然疫源地鼠疫菌株的CRISPR基因库。结果 50株鼠疫菌在3个CRISPR位点上共有24种spacer,其中YPa位点上有13种、YPb位点8种、YPc位点3种，b51是新发现的spacer。50株鼠疫菌可被分为16个基因型，共归为6大CRISPR类群。Ca35′是该地区主要流行类群；Ca7是...