羊口疮病毒SYBR Green I qPCR方法建立及VIR基因的遗传演化分析

目的 为快速、高效、准确地检出羊口疮病毒(ORFV),并进一步明确皖北地区羊群ORFV流行毒株的遗传变异情况。方法 本研究基于ORFV F1L基因建立SYBR Green I实时荧光定量PCR(qPCR)方法，对皖北地区羊场开展ORFV检测，并从阳性病料中PCR扩增ORFV的完整VIR基因，直接测序后进行遗传演化分析。结果 所建立ORFV SYBR Green I qPCR方法的线性关系良好，R²=0.994;扩增效率高，E%=95.62%;检测速度快，理论反应时间约15 min;灵敏度较高，检测下限为10 copies/μL,是普通PCR法的100倍；重复性良好，组内和组间变异系数分别为0.44%～1.14%和2.82%～3.16%。用该qPCR方法对采集自皖北地区的168份羊临床样本进行检测，其ORFV阳性率为37.5%(63/168)。PCR扩增阳性样本中ORFV的完整VIR基因并直接测序，共获得52条全长VIR基因序列，其中21条来源于山羊，31条来源于绵羊。52条VIR基因间核苷酸序列及氨基酸序列的一致性分别为95.8%～100.0%和93.5%～100...