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糖尿病肾病进展为终末期肾病关键基因的筛选及与免疫细胞浸润关系
作者姓名:李欣玥  钟爱民  陈红
作者单位:1. 南昌大学医学院;2. 江西省人民医院南昌医学院第一附属医院肾内科;3. 江西省人民医院南昌医学院第一附属医院风湿免疫科
摘    要:目的 利用生物信息学方法筛选糖尿病肾病(DN)进展为终末期肾病(ESRD)的关键基因,并探讨其与免疫细胞浸润的关系。方法 下载GSE142153数据集,包含23例DN患者(DN组)和7例由DN所致ESRD患者(ESRD组)的血液样本,共20 959个基因。筛选两组差异基因,分为上调和下调;通过加权基因共表达网络分析(WGCNA)鉴定DN进展为ESRD的关键模块。对差异基因及关键模块进行基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书通路富集分析;将获得的差异基因及WGCNA关键模块基因分别输入STRING在线数据库,构建蛋白质—蛋白质相互作用(PPI)网络,采用MCC算法确定核心基因,并将两种方法获得的核心基因取交集,获得关键基因。采用受试者工作特征(ROC)曲线对获得的关键基因进行分析,计算曲线下面积(AUC),评价关键基因区分DN和ESRD的诊断效能。最后进行免疫细胞浸润分析,从Cibersort网站下载22个免疫细胞的基因表达矩阵,采用Cibersort反卷积算法计算出30个样本的22种免疫细胞的相对丰度,用来表示免疫细胞浸润情况,比较两组免疫细胞浸润情况;进一步采用Pearson法...

关 键 词:关键基因  加权基因共表达网络分析  免疫浸润  糖尿病肾病  终末期肾病
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