| 基于TCMSP数据库中药成分的新型冠状病毒3CL水解酶抑制剂虚拟筛选 |
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| 引用本文： | 刘妍如,唐志书,王梅,段金廒,宋忠兴,周瑞,王征,李宏,李晓红,江大海.基于TCMSP数据库中药成分的新型冠状病毒3CL水解酶抑制剂虚拟筛选[J].中草药,2020,51(7):1694-1703. |
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| 作者姓名： | 刘妍如 唐志书 王梅 段金廒 宋忠兴 周瑞 王征 李宏 李晓红 江大海 |
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| 作者单位： | 陕西中医药大学 陕西中药资源产业化省部共建协同创新中心, 秦药特色资源研究与开发国家重点实验室(培育), 陕西省创新药物研究中心, 陕西咸阳 712083;陕西中医药大学附属医院, 陕西 咸阳 712083;南京中医药大学 江苏省方剂高技术研究重点实验室, 江苏省中药资源产业化过程协同创新中心, 江苏南京 210023;陕西中医药大学制药厂, 陕西 咸阳 712046 |
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| 基金项目： | 2020年度咸阳市重点研发计划“新型冠状病毒肺炎疫情应急防治”科技专项；陕西省三秦学者创新团队；陕西省“特支计划”青年拔尖人才项目（陕组通字[2018]33号） |
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| 摘 要： | 目的运用分子对接技术模拟预测TCMSP数据库中药成分对新型冠状病毒(SARS-Co V-2)3CL水解酶的作用。方法基于SARS-Co V-2 3CL水解酶的PDB晶型结构(6LU7),构建虚拟靶标模型,以TCMSP数据库中的13 143个化合物为配体筛选对象,以6LU7原配体分子为对照,采用薛定谔2018软件,以Glide程序建立6LU7分子对接体系。然后以原配体分子的对接打分结果为阈值,口服生物利用度(OB)≥30%或类药性(DL)≥0.18为标准筛选候选化合物。最后建立"成分-药材-归经-功效"网络,对候选成分的主要药材归属和作用功效进行总结。结果按照对接打分、OB、DL筛选标准,共筛选得到60个化合物。受体-配体相互作用结果显示,候选化合物主要与靶点蛋白的GLU166、GLY143、ASP187、CYS145、GLN189和LEU141等发生氢键作用。网络预测结果显示,所筛选化合物主要归属药材为甘草、桑白皮、满山红、虎杖和车前草等,肺脏是作用的关键靶器官,其作用功效以清热解毒、止咳祛痰、泻肺平喘等为主。结论对TCMSP数据库化合物进行虚拟分子对接得到的结果为SARS-CoV-2 3CL水解酶抑制剂筛选提供了相关数据。
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| 关 键 词： | 新型冠状病毒 新型冠状病毒肺炎 3CL水解酶 TCMSP数据库 分子对接 |
| 收稿时间： | 2020/2/18 0:00:00 |
Potential SARS-CoV-2 3CL protease inhibitors selection from TCMSP platform by molecular docking approach |
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| LIU Yan-ru,TANG Zhi-shu,WANG Mei,DUAN Jin-ao,SONG Zhong-xing,ZHOU Rui,WANG Zheng,LI Hong,LI Xiao-hong,JIANG Da-hai.Potential SARS-CoV-2 3CL protease inhibitors selection from TCMSP platform by molecular docking approach[J].Chinese Traditional and Herbal Drugs,2020,51(7):1694-1703. |
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| Authors: | LIU Yan-ru TANG Zhi-shu WANG Mei DUAN Jin-ao SONG Zhong-xing ZHOU Rui WANG Zheng LI Hong LI Xiao-hong JIANG Da-hai |
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| Institution: | Shaanxi Collaborative Innovation Center of Chinese Medicinal Resources Industrialization, State Key Laboratory of Research and Development of Characteristic Resources of Qin Medicine Research, Shaanxi Institute of Chinese Medicine Industry Research, Shaanxi University of Chinese Medicine, Xianyang 712083, China;The Affiliated Hospital of Shaanxi University of Chinese Medicine, Xianyang 712083, China;Jiangsu Key Laboratory for Traditional Chinese Medical Formula Research, Collaborative Innovation Center of Chinese Medicinal Resources Industrialization of Jiangsu Province, Nanjing University of Chinese Medicine, Nanjing 210023, China;Pharmaceutical Factory of Shaanxi University of Traditional Chinese Medicine, Xianyang 712046, China |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | SARS-CoV-2 COVID-19 3CL protease TCMSP platform molecular docking |
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