基于生物信息学分析HBV感染相关肝组织中免疫微环境枢纽基因 |
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作者姓名: | 娄海波 毛玉巧 赖倩微 廖娜莹 梁蔚芳 于文轩 付喜花 周宇辰 |
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作者单位: | 1. 广州市番禺区中心医院感染性疾病科;2. 南方医科大学南方医院消化内科;3. 南方医科大学南方医院感染内科;4. 南方医科大学中西医结合医院外科 |
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基金项目: | 国家自然科学基金项目(81772923);;广州市科技项目(201904010065); |
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摘 要: | 目的 通过生物信息学分析HBV感染相关免疫机制,找出定位于HBV感染相关免疫微环境的潜在治疗靶点。方法 从基因表达综合数据库下载GSE121248和GSE55092数据集。使用limma R软件包筛选HBV阳性肝组织样本与正常肝组织样本间的差异表达基因(DEGs)。从GeneCards数据库中下载免疫相关基因集,与上述两组DEGs取交集后得到免疫相关的差异表达基因(i-DEGs)。利用i-DEGs构建蛋白质-蛋白质互作(PPI)网络,以筛选可能与HBV感染相关的枢纽基因;使用多种网络工具评估枢纽基因与miRNA、转录因子、小分子药物的关联性。结果 从GSE55092和GSE121248分别获得1417和789个DEGs,二者与免疫相关基因集取交集后得到324个i-DEGs。通过构建PPI网络,鉴定出TOP2A、CDK1、AURKA、NCAPG、KIF11、CCNB1、CDC20、BUB1B、CCNB2、CCNA2共10个枢纽基因。通过探索DGIdb数据库,鉴定出可以调控TOP2A、CDK1、AURKA、CCNA2表达的36种小分子药物。进一步研究发现,CDK1对于HBV感染的诊断效能最...
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关 键 词: | 乙型肝炎病毒 生物信息学 枢纽基因 周期蛋白依赖性激酶-1 免疫微环境 |
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