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基于机器学习算法筛选胰腺癌诊断标志物及药物敏感性分析
作者姓名:齐荣暄  胡超扬  李渊  穆俊芳  王灿  薛丹阳  纪之琳  葛川  贺培凤  于琦
作者单位:1. 山西医科大学管理学院;2. 山西省临床决策研究大数据重点实验室;3. 山西医科大学基础医学院;4. 山西医科大学公共卫生学院
摘    要:目的 通过生物信息学方法和机器学习算法挖掘基因表达综合数据库(Gene Expression Omnibus, GEO)中胰腺癌的关键表达基因,探究胰腺癌的诊断标志物。方法 以GEO数据库获得的芯片数据集GSE15471、GSE16515作为训练组,GSE28735作为验证组,用于筛选出差异表达基因(Differentially Expressed Genes, DEGs)。利用套索算法(Least absolute shrinkage and selection operator, Lasso)与支持向量机的递归特征消除算法(Support Vector Machines with Recursive Feature Elimination, SVM-RFE)从DEGs中筛选出胰腺癌的关键表达基因,并在验证组中进行验证。采用受试者工作特征(Receiver Operating Characteristic, ROC)曲线的曲线下面积(Area Under Curve, AUC)评价关键表达基因的诊断效能。使用Kaplan-Meier生存曲线对关键表达基因进行预后生存分析。通过Cell...

关 键 词:胰腺癌  机器学习  诊断标志物  药物敏感性
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