| 聚乙二醇模拟干旱胁迫下半夏茎段转录组分析 |
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| 引用本文： | 李铂,彭亮,王楠,孙晓春,何懿菡,宋忠兴,张永强,唐志书,黄文静. 聚乙二醇模拟干旱胁迫下半夏茎段转录组分析[J]. 中草药, 2020, 51(21): 5579-5589 |
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| 作者姓名： | 李铂 彭亮 王楠 孙晓春 何懿菡 宋忠兴 张永强 唐志书 黄文静 |
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| 作者单位： | 陕西中医药大学 陕西中药资源产业化省部共建协同创新中心, 陕西 咸阳 712083;秦药特色资源研究与开发国家重点实验室(培育), 陕西 咸阳 712083;陕西中医药大学药学院, 陕西 咸阳 712046 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金资助项目（81703652）;现代农业产业技术体系建设专项资金项目（CARS-21）;陕西省教育厅自然科学专项项目（18JK0223）;咸阳市重大科技专项计划项目（2017k01-26） |
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| 摘 要： | 目的 通过分析30%聚乙二醇（PEG）模拟的干旱胁迫处理下半夏茎段转录组数据,挖掘响应干旱胁迫的相关基因,探索干旱胁迫下半夏发生"倒苗"的分子机制。方法 以干旱胁迫下半夏发生"倒苗"时的茎段作为研究材料,采用Illumina Hiseq 2500平台进行转录组双向测序,并对数据进行生物信息学相关分析。结果 共获得23.00 Gb clean data,对照组与干旱胁迫处理组分别获得37 467 952和39 903 362个clean reads,经Trinity软件组装获得100 274个uingenes。通过将组装所得unigenes分别与Nr、eggNOG、Pfam、Swiss-Prot、KOG、GO、KEGG、COG等数据库进行比对分析,41 132个unigenes获得功能注释。最终筛选得到差异表达基因4 052个,其中2 080个DEGs表达上调,1 972个DEGs表达下调。KEGG通路富集分析显示,差异表达基因主要集中在核糖体、碳代谢、淀粉和蔗糖代谢、植物激素信号转导和氨基酸生物合成等过程;基因表达水平分析显示,半夏中编码植物激素代谢与信号转导、氧化还原相关酶、热激蛋白和液泡加工酶等基因在干旱胁迫处理后表达水平显著上升,多数编码水通道蛋白的DEGs表达水平下降。结论 通过对PEG模拟的干旱胁迫处理下半夏转录组测序结果进行分析,获得半夏水分代谢、激素代谢与信号转导、相关响应蛋白等候选基因,可为揭示干旱胁迫导致半夏"倒苗"的发生机制提供基因资源和理论依据。
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| 关 键 词： | 半夏 聚乙二醇 干旱胁迫 转录组分析 差异表达基因 水分代谢 激素代谢 信号转导 |
| 收稿时间： | 2020-02-03 |
Transcriptome analysis of stems of Pinellia ternata under drought stress simulated by PEG |
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| LI Bo,PENG Liang,WANG Nan,SUN Xiao-chun,HE Yi-han,SONG Zhong-xing,ZHANG Yong-qiang,TANG Zhi-shu,HUANG Wen-jing. Transcriptome analysis of stems of Pinellia ternata under drought stress simulated by PEG[J]. Chinese Traditional and Herbal Drugs, 2020, 51(21): 5579-5589 |
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| Authors: | LI Bo PENG Liang WANG Nan SUN Xiao-chun HE Yi-han SONG Zhong-xing ZHANG Yong-qiang TANG Zhi-shu HUANG Wen-jing |
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| Affiliation: | Co-construction Collaborative Innovation Center of Chinese Medicine Resources Industrialization by Shaanxi & Education Ministry, Shaanxi University of Chinese Medicine, Xianyang 712083, China;State Key Laboratory of Research & Development of Characteristic Qin Medicine Resources(Cultivation), Xianyang 712083, China;College of Pharmacy, Shaanxi University of Chinese Medicine, Xianyang 712046, China |
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| Abstract: | |
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