| 阳春砂基于转录组的萜类合酶基因挖掘及一个单萜合酶基因的克隆 |
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| 引用本文： | 邓可,杨锦芬,王腾,王虹,王焕,苏金锋,詹若挺. 阳春砂基于转录组的萜类合酶基因挖掘及一个单萜合酶基因的克隆[J]. 广州中医药大学学报, 2016, 0(3): 395-403. DOI: 10.13359/j.cnki.gzxbtcm.2016.03.026 |
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| 作者姓名： | 邓可 杨锦芬 王腾 王虹 王焕 苏金锋 詹若挺 |
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| 作者单位： | 1. 广州中医药大学中药资源科学与工程研究中心,岭南中药资源教育部重点实验室,国家中成药工程技术研究中心南药研发实验室,广东广州510006;2. 广州中医药大学中药学院,广东广州,510006 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金青年科学基金项目(81303163)，广东省高等学校优秀青年教师培养计划项目(Yq2013042)，广州中医药大学青年英才培养项目(AAC414124A08) |
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| 摘 要： | 【目的】深入挖掘阳春砂转录组中挥发性萜类合酶相关基因,为全面认识阳春砂挥发性萜类代谢途径和分子调控模式奠定基础。【方法】整理前期工作获得的阳春砂2个转录组的数据,筛选已注释的及利用本地blast方法再注释的萜类合成途径的unigene;并通过对部分候选unigene的表达量与挥发性萜类化合物含量的相关性分析及生物信息学分析,进一步筛选出相关基因;采用PCR及重组载体构建的方法克隆其中一个单萜合酶基因,并对其编码蛋白序列进行分析。【结果】筛选得到10个挥发性萜类合成上游途径相关unigene及11个下游萜类合酶基因;相关性分析证明候选基因与阳春砂主要挥发性萜类有较强相关性;并成功克隆得到Av TPS1基因,其序列包含1 803 bp的开放阅读框,编码600个氨基酸;其编码蛋白含有单萜合酶蛋白特有的DDXXD、RRX8W和NSE/DTE等保守基序,N端含有一段叶绿体转运肽;系统进化分析表明Av TPS1属于TPS-b亚家族。【结论】结合转录组、表达谱数据的深入挖掘和与挥发性萜类化合物数据的关联,有效筛选出了阳春砂多个值得后续研究的萜类合酶基因;其中对Av TPS1的克隆及生物信息学分析为后续功能鉴定提供了基础。
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| 关 键 词： | 阳春砂 转录组 萜类合酶基因 基因克隆 |
Mining of Genes Involved in Terpenoid Synthases Based on Transcriptome Analysis and Cloning of Monoterpene Synthase from Amomum villosum Lour. |
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