| 基于转录组测序研究不同海拔生境神农香菊的基因表达差异＊ |
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| 引用本文： | 周春苗,蒋莉萍,董刚强,刘义飞,陈士林,张景景.基于转录组测序研究不同海拔生境神农香菊的基因表达差异＊[J].世界科学技术-中医药现代化,2022,24(4):1356-1368. |
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| 作者姓名： | 周春苗 蒋莉萍 董刚强 刘义飞 陈士林 张景景 |
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| 作者单位： | 湖北中医药大学药学院 武汉,湖北中医药大学药学院 武汉,安利中国植物研发中心 无锡,湖北中医药大学药学院 武汉,中国中医科学院中药研究所 北京,湖北中医药大学药学院 武汉 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金委员会补充项目类型（31900267）：不同生境条件下神农香菊萜类挥发性物质不稳定产生的分子机制研究,负责人：张景景;湖北省自然科学基金委员会重点类项目（2019CFA097）:药用野菊的基因组遗传评价与优异种质筛选,负责人：刘义飞;国家科学技术部国家重点研发计划（2019YFC1711100）：中药多组学方法创新及新品种选育研究,负责人：陈士林。 |
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| 摘 要： | 目的 比较神农香菊不同海拔生境的主要生态环境因子差异和基因表达谱差异,研究神农香菊适应不同海拔生境的分子机制。方法 利用WheatA获得海拔相关的主要生态因子如温度和降水等并进行差异统计分析,利用转录组测序获得黄龙堰与宋洛两个不同海拔生境的神农香菊样本的基因表达谱,并基于GO、KEGG等数据库进行基因注释、功能富集分析,获取样本间的差异基因及其关联的代谢通路。结果 光照和温度是影响神农香菊生长发育的最重要的生态因子。不同海拔种植点样本的差异表达基因主要富集到植物激素信号转导、萜类、苯丙素类、不饱和脂肪酸类等次生代谢生物合成途径。其中,参与萜类生物合成途径的相关基因在不同海拔种植样本间显著上调或下调表达。结论 神农香菊可能通过调控萜类关键表达基因如DXS、DXR、HMGCS等的表达适应生境变化。研究结果为深入研究神农香菊不同海拔适应机制及新品种培育提供数据支撑。
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| 关 键 词： | 神农香菊 海拔 转录组 环境因子 基因表达 次生代谢物 |
| 收稿时间： | 2021/11/10 0:00:00 |
| 修稿时间： | 2022/6/8 0:00:00 |
Analysis of Differential Expression Genes of Chrysanthemum Indicum var. Aromaticum Associated with Different Altitude Habitats using RNA-seq Technology |
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| Zhou Chunmiao,Jiang Liping,Dong Gangqiang,Liu Yifei,Chen Shilin and Zhang Jingjing.Analysis of Differential Expression Genes of Chrysanthemum Indicum var. Aromaticum Associated with Different Altitude Habitats using RNA-seq Technology[J].World Science and Technology-Modernization of Traditional Chinese Medicine,2022,24(4):1356-1368. |
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| Authors: | Zhou Chunmiao Jiang Liping Dong Gangqiang Liu Yifei Chen Shilin and Zhang Jingjing |
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| Institution: | College of Pharmacy,Hubei University of Chinese Medicine,College of Pharmacy,Hubei University of Chinese Medicine,Amway China Botanical R D Center,College of Pharmacy,Hubei University of Chinese Medicine,Institute of Chinese Materia Medica,College of Pharmacy,Hubei University of Chinese Medicine |
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