| BiNGO及DAVID在miR-155靶基因富集分析中的应用 |
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| 引用本文： | 杨蓉,蔡琳.BiNGO及DAVID在miR-155靶基因富集分析中的应用[J].福建医科大学学报,2012,46(6):408-414. |
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| 作者姓名： | 杨蓉 蔡琳 |
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| 作者单位： | 杨蓉 (福建医科大学,公共卫生学院流行病与卫生统计学系,福州,350108)； 蔡琳 (福建医科大学,公共卫生学院流行病与卫生统计学系,福州,350108)； |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金(30771845,81172766) |
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| 摘 要： | 目的通过对预测得到的miR-155靶基因进行生物信息学分析,探索和比较DAVID(Database forAnnotation,Visualization and Integrated Discovery)及BiNGO(Biological Networks Gene Ontology tool)软件在基因本体(GO)及生物学通路富集分析中的应用,以期为miR-155靶基因的实验验证及生物学功能的研究提供理论指导。方法利用TargetScan 6.0预测得到的miR-155靶基因作为分析的基因集合,通过BiNGO及DAVID对这个靶基因集合进行GO富集分析和生物通路富集分析,并对两个软件的富集分析结果进行比较和分析。结果 miR-155的预测靶基因集合分别富集在转录调控活性、蛋白激酶活性等分子功能上和代谢调控、转录调控、高分子生物合成、基因表达调控及信号转导等生物学过程中(P<0.01);进一步分析显示该基因集合在KEGG代谢通路数据库中,显著富集于T细胞受体信号通路、B细胞受体信号通路、MAPK信号通路、ErbB信号通路等7个信号通路和结直肠癌、急慢性髓性白血病等7个疾病通路中(P<0.05)。结论 BiNGO和DAVID软件在miRNAs靶基因富集分析中各有优势,可以结合两个软件的分析结果对miRNAs靶基因集合进行生物学描述,为进一步的功能研究提供生物信息学指导。
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| 关 键 词： | 微RNAs 基因 肿瘤 信号传导 信号处理 计算机辅助 软件 生物学 数据库(主题) |
Application of BiNGO and DAVID in Biological Enrichment Analysis of miR-155 Target Genes |
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| YANG Rong,CAI Lin.Application of BiNGO and DAVID in Biological Enrichment Analysis of miR-155 Target Genes[J].Journal of Fujian Medical University,2012,46(6):408-414. |
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| Authors: | YANG Rong CAI Lin |
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| Institution: | Department of Epidemiology and Biostatistics,School of Public Health,Fujian Medical University,Fuzhou 350108,China |
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