膀胱癌关键枢纽基因的生物信息学分析 |
| |
引用本文: | 杨柳,李岗.膀胱癌关键枢纽基因的生物信息学分析[J].长治医学院学报,2023(2):81-87+96. |
| |
作者姓名: | 杨柳 李岗 |
| |
作者单位: | 1. 长治医学院第二临床学院;2. 长治医学院附属和济医院泌尿外科 |
| |
摘 要: | 目的:基于在线数据库分析膀胱癌有差异的关键枢纽基因(Hub基因)临床表达意义。方法:运用在线数据库(GEO)下载膀胱癌基因芯片数据集及GEO2R筛选共同差异表达基因(DEGs)。通过R软件的“cluster profiler”软件包对共同DEGs行基因本体论(GO)、京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路富集,使用STRING数据库构造蛋白-蛋白互作网络图(PPI)、利用Cytoscape软件可视化及Cytohubba应用软件中的MCC(基于最大聚集中心)筛选出Hub基因,通过Cbioportal行总生存(OS)和无病生存(DFS)分析,并绘制Kaplan-Meier生存曲线,通过GEPIA2分析有差异Hub基因的表达。结果:共同DEGs281个,上调34个,下调247个,GEPIA2验证发现有差异的Hub基因在膀胱癌中均高表达。结论:ASPM、NUSAP1、CDC20、KIF20A、PRC1和TOP2A Hub基因可能是膀胱癌有效的诊断标志物。
|
关 键 词: | 膀胱癌 生物信息学 GEO 差异表达基因 关键枢纽基因 |
|