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用生物信息技术初步分析杂交水稻的抗病基因
引用本文:胡咏武,谭军,钟兰.用生物信息技术初步分析杂交水稻的抗病基因[J].温州医学院学报,2002,32(5):270-283.
作者姓名:胡咏武  谭军  钟兰
作者单位:1. 温州医学院,生物学教研室,浙江,温州,325027
2. 中国科学院基因组信息学中心暨北京华大基因研究中心
3. 北京大学,北京,100871
基金项目:国家“8 6 3”基金资助项目 ( 2 0 0 1AA2 2 50 4 1),中国科学院知识创新工程重大项目
摘    要:目的:通过对水稻基因组序列信息的分析,全局地、宏观地了解各种植物抗病相关基因在水稻中的同源情况,发现水稻的抗病相关基因,方法:利用各种基因预测软件,以多种植物的数据库,特别是单子叶植物的数据和EST数据库为训练集,进行基因的预测,收集各个公用数据库中各种植物抗病相关基因的蛋白序列,包括抗病基因(R基因)和抗病基因信号传导途径相关基因,将它们与水稻基因组数据库比对,并进行保守区分析,结果与结论:发现水稻的抗病相关基因具有较为特殊的R基因类型和独特的信号传导与调控系统,这些特性与单子叶和双子叶植物的系统发生有关,为加快水稻抗病性研究,培育优良新品种的步伐提供强有力的帮助。

关 键 词:生物信息技术  杂交水稻  抗病基因  基因组  同源比较
文章编号:1000-2138(2002)05-0279-05
修稿时间:2002年7月20日

An initial analysis of the rice disease defense gene by bioinformatics
HU Yong-wu ,TAN Jun,ZHONG Lan.An initial analysis of the rice disease defense gene by bioinformatics[J].Journal of Wenzhou Medical College,2002,32(5):270-283.
Authors:HU Yong-wu  TAN Jun  ZHONG Lan
Institution:HU Yong-wu *,TAN Jun,ZHONG Lan. * Department of Biology,Wenzhou Medi cal College,Wenzhou 325027
Abstract:Objective:To find ric e disease defense gene in whole genome.Methods:The draft seque nce of the rice genome by whole-genome shotgun sequencing was u sed to predict the rice genes by different software, then compared with known di sease resistance related genes by BLASTP and compared with conserve domain datab ase Pfam. Results and Conclusion: We found nearly all genes known to control d isease resistance responses in other plants have putative orthologs in rice,but the rice also has its own different property in disease resistance signal pathw ays from other plants.
Keywords:rice  genome  disease resistance gene
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