广西地区人类免疫缺陷病毒-1流行毒株gag基因系统进化和基因变异特征分析北大核心CSCD

目的了解广西壮族自治区HIV-1流行毒株gag基因分子进化及遗传变异特征。方法收集2011年10月至2012年3月广西地区HIV-1感染者血液样本158份，采用反转录／套式PCR对HIV-1gag基因片段进行扩增并测序。运用MEGA5．03构建系统进化树，并计算gag区及各编码区段的基因离散率和选择压力（globleω）。两样本基因离散率的比较采用两独立样本t检验，多个样本的基因离散率比较采用单因素方差分析。结果158份样本中获得140条gag基因序列，存在4种亚型：CRF_01AE80份（57．1％），CRF08BC46份（32．9％），CRF07BC10份（7．1％），B（B’）4份（2．9％）。gag基因离散率在CRF01AE亚型为0．036±0．001，CRF08BC亚型为0．031±0．002，CRF07-BC亚型为0．043±0．003，B（B’）亚型为0．102±0．006，差异有统计学意义（F=220．62，P〈0．01）。p17和p24编码区均受到负向选择压力作用，globlem〈1。各亚型p17编码区的globleω值相近，差异无统计学意义（F-0．761，P=0．469），p24编码区的globlem值差异也无统计学意义（F=0．037，P=0．964）。结论广西地区HIV-1亚型以CRF_01AE为主，gag基因各编码区段在进化上相对保守，但HIV-1流行特征的变化可能会影响gag基因的遗传变异，应继续追踪检测。