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| 生物信息学分析筛选胆管癌新候选基因及其意义 | |
| 作者单位： | ;1.上海交通大学医学院附属瑞金医院消化内科 |
| 摘 要： | 目的应用综合生物信息学分析、筛选胆管癌新候选基因,并探讨其在预测患者预后方面的价值。方法从The Cancer Genome Atlas(TCGA)数据库下载数据,通过与癌旁组织进行比较,筛选出差异表达基因,并通过生物信息学方法对其进行深入分析。结果共筛选出差异表达的信使RNA(messenger RNA,mRNA)3538个、长链非编码RNA(long nonco-ding RNA,lncRNA)1434个和微RNA(microRNA,miRNA)68个。建立一个包含127个lncRNA、15个miRNA和64个mRNA的竞争性内源RNA(competing endogenous RNA,ceRNA)网络。生存分析发现,COL18A1-AS1、LINC00261、NEXN-AS1、SCRN1和SLC6A1-AS1基因对胆管癌预后具有预测价值,上述基因低表达患者的生存率均显著高于高表达患者。结论 COL18A1-AS1、LINC00261、NEXN-AS1、SCRN1和SLC6A1-AS1基因可作为评估胆管癌预后的标志物,可为胆管癌的治疗提供新的潜在靶点。 |
| 关 键 词： | 胆管癌 生物信息学分析 竞争性内源RNA 长链非编码RNA |
Novel candidate genes in cholangiocarcinoma determined by intergrated bioinformatic analysis |
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