| 甲状腺癌非编码RNA与mRNA差异表达谱及竞争性内源RNA调控网络分析 |
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| 引用本文： | 汤喜,张成瑶,周晓红,辇伟奇,龚靖淋,张玉莲,周迎春,李真华.甲状腺癌非编码RNA与mRNA差异表达谱及竞争性内源RNA调控网络分析[J].中国普通外科杂志,2018,27(11):1409-1416. |
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| 作者姓名： | 汤喜 张成瑶 周晓红 辇伟奇 龚靖淋 张玉莲 周迎春 李真华 |
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| 作者单位： | （重庆大学附属肿瘤医院/重庆市肿瘤研究所/重庆市肿瘤医院 1. 头颈肿瘤中心 2. 肿瘤转移与个体化诊治转化研究重庆市重点实验室，重庆 400030） |
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| 基金项目： | 中国抗癌协会-肿瘤研究青年科学基金资助项目（CAYC18A49） ；重庆市科研院所绩效激励引导专项基金资助
项目（cstc2017jxjl130022）。
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| 摘 要： | 目的:通过生物信息学方法分析甲状腺癌预后相关的非编码RNA与mRNA及信号通路。方法:从癌症基因组图谱(TCGA)数据库中下载568例甲状腺癌患者的临床信息及其组织样本的非编码RNA(lncRNA、miRNA)与mRNA数据,筛选出差异表达的非编码RNA与mRNA,对差异表达的mRNA进行功能富集分析与通路分析;构建lncRNA-miRNA-mRNA的竞争性内源RNA(ceRNA)调控网络;结合临床信息进行生存分析获取与甲状腺癌预后相关的非编码RNA与mRNA。结果:共筛选出差异表达的lncRNA 497个(上调93个,下调404个),miRNA 72个(上调5个,下调67个),mRNA 1 097个(上调233个,下调864个)。功能富集分析结果显示差异表达的mRNA主要参与单组织过程、单组织细胞过程、刺激反应等生物学过程,受体结合、分子功能调节、钙离子调节等细胞功能以及细胞、细胞膜、细胞外组件等细胞构成过程。通路分析结果显示差异表达的mRNA主要参与神经反应受体-配体相互作用、细胞因子-细胞因子受体相互作用、肿瘤转录失调等信号通路的调节。构建的lncRNA-miRNA-mRNA ceRNA互作网络中,有2个差异表达lncRNA(MIR181A2HG、OPCML-IT1),1个差异表达miRNA(miRNA-184)和2个差异表达mRNA(E2F1、SALL3)与甲状腺癌的总体生存期明显有关(均P0.05)。结论:所筛选的非编码RNA与mRNA以及相关信号通路在甲状腺癌的预后密切相关,并为甲状腺癌发生、发展机制的研究提供了新的方向。
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| 关 键 词： | 甲状腺肿瘤 RNA，未翻译 基因表达谱 计算生物学 |
| 收稿时间： | 2018/8/2 0:00:00 |
| 修稿时间： | 2018/10/19 0:00:00 |
Analysis of differential expression profiles of non-coding RNAs and mRNAs and competing endogenous RNA regulatory network in thyroid cancer |
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| TANG Xi,ZHANG Chengyao,ZHOU Xiaohong,NIAN Weiqi,GONG Jinglin,ZHANG Yulian,ZHOU Yingchun,LI Zhenhu.Analysis of differential expression profiles of non-coding RNAs and mRNAs and competing endogenous RNA regulatory network in thyroid cancer[J].Chinese Journal of General Surgery,2018,27(11):1409-1416. |
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| Authors: | TANG Xi ZHANG Chengyao ZHOU Xiaohong NIAN Weiqi GONG Jinglin ZHANG Yulian ZHOU Yingchun LI Zhenhu |
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| Institution: | (1. Center for Head and Neck Cancer 2. Chongqing Key Laboratory of Translational Research for Cancer Metastasis and Individualized Treatment, Chongqing University Cancer Hospital & Chongqing Cancer Institute & Chongqing Cancer Hospital, Chongqing 400030, China)
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| Abstract: | |
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| Keywords: | Thyroid Neoplasms RNA Untranslated Gene Expression Profiling Computational Biology |
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