肝癌中铜死亡相关基因的表达及其预后价值

目的探讨铜死亡相关基因与肝癌生存预后的关系。方法通过收集TCGA数据库中肝癌患者的临床信息和相应的RNA-seq数据,分析10个铜死亡相关基因在肝癌组织和正常组织中的差异表达。进一步使用一致性聚类以确定新的肝癌亚型,比较两个亚型之间总体生存率和临床特征的差异。单因素Cox回归分析筛选与预后相关的铜死亡基因,并利用LASSO回归分析构建风险模型。结果与正常组织相比,肝癌组织中FDX1表现下调,其余9个基因表现上调。聚类分析示,Cluster1的预后较差。基于单因素Cox回归分析和LASSO回归分析筛选出5个预后相关基因(LIPT1、DLAT、MTF1、GLS、CDKN2A)并构建风险模型。与其他临床特征相比,该预后模型的风险评分被确认为独立的预后因素。结论通过生物信息学分析构建了5个铜死亡相关基因的肝癌预后模型,有可能作为肿瘤诊断分子标志物和潜在的治疗靶点。     

基于TCGA数据库构建肝癌铜死亡的预后模型

目的 构建肝细胞癌（HCC）患者铜死亡相关基因（CRGs）的预后模型。方法 基于TCGA数据库HCC患者的mRNA数据集，分析CRGs在HCC患者中的表达，对CRGs及相关基因进行GO和KEGG富集分析。Kaplan-Meier生存分析曲线评估CRGs的生存预后价值，分析其与免疫细胞浸润的相关性。单因素Cox回归分析筛选出与HCC患者生存预后显著相关的CRGs,Lasso回归和多因素Cox回归分析构建预后模型。根据风险值对患者进行分组并进行生存分析，ROC曲线评估预后模型，单因素和多因素Cox回归分析风险评分及临床因素与预后的关系。结果 分析得到HCC中差异表达CRGs共11个，CRGs及其相关基因主要富集的GO条目为氧化还原酶活性，作用于供体的醛基或氧基，主要富集的KEGG信号通路为碳代谢。CRGs的表达水平与浆细胞样滤泡树突细胞、T辅助细胞等免疫细胞的浸润显著相关（P<0.05）。筛选并构建3个CRGs的预后模型，包括CDKN2A、DLAT和LIPT1。高风险组和低风险组的生存时间存在显著差异（P<0.001）。风险评分是预后不良的独立危险因素（P<0.001）。...