峨眉山区唇形科药用植物ITS2和mat K条形码序列鉴定

目的 评价以ITS2和matK序列作为DNA条形码对峨眉山区唇形科药用植物的鉴定效果。方法 从峨眉山区采集23种唇形科药用植物样本,提取DNA,PCR扩增ITS2序列,并从Genbank上分别下载54与51条唇形科植物的ITS2及matK序列;使用MEGA 5.0软件计算全部序列的种间、种内遗传距离及序列变异位点,构建Neighbor Joining(NJ)系统进化树,最后开展barcoding gap分析。结果 峨眉山唇形科药用植物的ITS2序列长度为190～237 bp,GC含量为53%～73%,具有较为明显的barcoding gap,对唇形科植物的识别率为94%,而matK序列的barcoding gap不显著,有明显重叠现象,对唇形科植物的识别率为96%。结论 ITS2从种水平上对唇形科植物有更好的鉴定能力,但matK序列对唇形科植物的识别率更高,因此,以ITS2为主,matK序列为辅的鉴定方法能够对唇形科药用植物进行快速、准确的鉴定和识别,准确阐明物种之间的亲缘关系,对峨眉山区唇形科药用植物资源的有效保护和合理开发提供了理论依据。     

鸡血藤及其混伪品的DNA条形码分子鉴定研究

目的采用分子生物学鉴定技术,筛选合适的DNA条形码序列,建立快速、准确鉴定鸡血藤的方法。方法采集72份鸡血藤及其混伪品的样本,分别提取样品DNA,对ITS2、matK、psbA-trnH、ITS和rbcL序列扩增、测序;计算各序列扩增成功率和测序成功率,利用MEGA7.0分析比对序列特征;基于Kimura-2-Parameter(K2P)双参数模型计算种内、种间的遗传距离评估Barcoding gap;利用Phylosuite软件构建ITS2、matK和psbA-trnH和多基因(I-M-P)联合系统发育树。结果 ITS2的扩增成功率和测序成功率最高,均为100%,matK和psbA-trnH的测序成功率亦有94.4%、91.7%,而rbcL和ITS仅为69.4%和61.1%;ITS2较其他条形码序列具有明显的Barcoding gap,且种内、种间重叠少;系统发育树显示,ITS2和psbA-trnH可将鸡血藤及其混伪品明显聚为不同分支,matK不能把滇鸡血藤和南五味子分开;I-M-P系统发育树同ITS2和psbA-trnH结果相同。结论以ITS2为主、psbA-trnH序列为辅的鉴定方法能够对鸡血藤及其混伪品进行快速、准确的鉴定,为鸡血藤临床用药的安全性和合理使用的准确性提供依据。     

连翘茎叶的鉴别研究

目的:对连翘茎叶的药材性状、显微特征、matK基因序列等进行鉴别. 方法:采集原植物叶片和嫩枝,对其进行生药鉴定.结果:连翘茎叶的生药特征为连翘叶质地较薄,但栅栏组织发达,海绵组织较紧密;气孔不定式.嫩枝表面有沟槽,表皮完整,维管柱椭圆形,韧皮纤维多散在,髓发达;粉末中导管成束,木纤维管胞状,木薄壁细胞壁念珠状,腔内纹孔明显.结论:上述特征可为连翘叶质量标准的制定提供参考依据.     

蛇床子地理分布与叶绿体matK基因序列的相关性分析

目的 :探讨中药蛇床子Cnidiummonnieri(L .)Cuss .居群间的DNA序列变异与地理分布的关系 ,为蛇床子品质评价提供分子依据。方法 :采用PCR直接测序技术对蛇床子 6个居群 6个个体样品的叶绿体matK基因进行测序分析研究。结果 :蛇床子 6个居群的matK基因核苷酸序列长 12 6 8bp ,编码 4 2 2个氨基酸成熟酶。根据排序比较 ,蛇床子 6个居群间的matK基因序列存在 12个变异位点 ,氨基酸序列 10个变异位点。邻接法构建的系统分支树表明 :蛇床子居群间的亲缘关系与地理分布及所含香豆素化学型呈良好的相关性。结论 :结合香豆素分析数据 ,基因测序分析技术可以成为蛇床子品质评价的有力工具。     

快速PCR法鉴别鱼腥草与百部还魂的方法研究

目的 建立鉴别鱼腥草Houttuynia cordata与百部还魂Gymnotheca chinensis的特异性PCR方法。方法 采集不同产地的鱼腥草与百部还魂样品各8份,所有样品提取总DNA。通过对其mat K片段进行扩增、测序,进行同源比对后根据其变异位点设计特异鉴别引物,建立特异PCR鉴别方法,并通过加入SYBR Green I染料法对2种中药进行快速检测。另外,构建多重PCR体系,只经一个PCR反应,就能对鱼腥草与百部还魂进行快速分子鉴定。结果 所构建特异PCR与多重PCR体系均能产生鱼腥草185 bp的特异鉴别条带,百部还魂389 bp的特异鉴别条带,SYBR Green I染料可进行快速检测方法。结论 建立的鱼腥草与百部还魂2种中药的快速PCR鉴别方法简便、可靠。     

蛇床子地理分布与叶绿体matK基因序列的相关性分析

 目的探讨中药蛇床子 Cnidium monnieri(L.)Cuss.居群间的DNA序列变异与地理分布的关系,为蛇床子品质评价提供分子依据。方法采用PCR直接测序技术对蛇床子6个居群6个个体样品的叶绿体matK基因进行测序分析研究。结果蛇床子6个居群的matK基因核苷酸序列长1268 bp,编码422个氨基酸成熟酶。根据排序比较,蛇床子6个居群间的matK基因序列存在12个变异位点,氨基酸序列10个变异位点。邻接法构建的系统分支树表明：蛇床子居群间的亲缘关系与地理分布及所含香豆素化学型呈良好的相关性。结论结合香豆素分析数据,基因测序分析技术可以成为蛇床子品质评价的有力工具。     

三七及其伪品的DNA测序鉴别

目的：分析三七Panax natoginseng及其伪品竹节参P．japoricuscus、蓬莪术Curcuma phaeocaulis、温莪术C．wenyujin、桂莪术C．kwangsiensis的核基因和叶绿体基因序列,为三七的正品药材基原鉴定提供分子依据。方法：采用PC8直接测序技术测定三七及其4种伪品的18S rRNA基因和matK基因核苷酸序列并作序列变异分析。结果：三七和竹节参的18S rRNA基因序列长度相同,均为1809bp;matK基因长度亦相同,为1259bp。蓬莪术、温莪术和桂莪术18S rRNA基因长度均为1811bp、marK均为1548bp。根据排序比较,三七与4种伪品间的DNA序列存在很大差别。结论：通过序列差异比较分析,DNA测序技术可成为三七正品基原鉴定的准确、有效手段。     

基于杜娟属植物的DNA条形码序列筛选

我国的杜鹃属有毒植物约在60种以上,如羊踯躅等药用植物具有强毒付作用,而目前杜娟属的分类十分复杂。DNA barcoding技术是一种新的物种鉴定技术,COI序列已成功应用于动物的鉴定,但是目前国际上还没有找到一个通用序列能鉴定所有植物物种。本文对杜娟属257个物种ITS、ITS2、matK、PsbA—trnH序列比较,运用Wilcoxon秩和检验比较不同序列的变异性,然后用Taxon DNA软件评估这四个序列的barcodinggap。筛选适合于杜娟属的DNA条形码序列。分析结果表明：matK和psbA—trnH并不适合于杜娟属的DNA barcoding鉴定。ITS2和ITS序列都可以有效的对杜娟属植物进行DNA barcoding鉴定,但ITS在物种中的扩增效率较低,因此推荐将ITS2序列作为一个潜在的杜娟属植物DNA barcoding鉴定候选序列。     

栀子叶绿体DNA条形码的研究

目的评价3个叶绿体DNA(cpDNA)条形码候选序列对茜草科植物栀子属的鉴别能力,探索栀子属植物鉴定的新方法。方法使用matK、rbcL和psbA候选序列的通用引物对栀子属植物cpDNA进行PCR扩增和测序,比较各序列的扩增成功率、长度、种内和种间变异、barcoding gap,并采用BLAST和DNA MAN进行分析评价。结果 matK、rbcL、psbA序列对栀子属3个物种、5个样本的扩增成功率均为100%,其中通用引物matK扩增的序列种内种间变异差异、barcoding gap较psbA、rbcL序列具有更明显的优势,其鉴定成功率相对较高。结论 matK是适合栀子属植物鉴别的较好cpDNA条形码。     

基于叶绿体matK和rps16基因序列的黄精属药用植物亲缘关系分析

目的:开发适用于区分黄精属主要药用植物的DNA条形码序列,分析物种间亲缘关系。方法:设计黄精属专用的matK和rps 16基因扩增引物,扩增得到多花黄精、长梗黄精、黄精、滇黄精、玉竹、湖北黄精的相应序列,比较序列的种内和种间变异、条形码序列间隔,构建系统发育树,分析38份样品的系谱关系。结果:matK基因的种内变异度高于rps 16,rps 16基因的种间变异度高于matK,结合matK和rps 16基因序列可以应用于区分黄精属的主要药用植物。结论:结合matK和rps 16基因序列的信息可以用于区分黄精属的主要药用植物。