桔梗叶绿体比较基因组学分析及系统发育研究

目的 以桔梗Platycodon grandiflorus为材料,分析其叶绿体基因组特征,探究不同地区桔梗叶绿体基因组的差异及桔梗科其他物种的系统发育关系。方法 利用Illumina NovaSeq测序平台对桔梗叶绿体全基因组进行测序,完成其组装、注释和特征分析,采用生物信息学方法对不同地区桔梗进行比较基因组分析和系统发育分析。结果 桔梗叶绿体基因组全长172 770 bp,呈现典型的环状四分体结构,总GC含量为38.10%,注释到139个基因,其中蛋白质编码基因95个,核糖体RNA 8个和转运RNA 36个。经序列分析鉴定出139个SSR位点,大部分重复由A和T组成。该叶绿体基因组密码子偏好性A/U大于G/C。边界分析表明,不同地区桔梗的JLA边界区域存在差异。对比不同地区桔梗叶绿体基因组序列发现21个变异区间,包括ycf1、psbC、rps18和rpoB等编码区以及rpl32-trnL、trnS-psbZ和trnN-ycf1等非编码区。基于最大似然法（maximum likelihood method,ML）对桔梗及其他17种桔梗科植物进行系统发育分析,发现桔梗科物种形成一个单系群,各属物种聚为一束,支持率达100%。结论 桔梗科物种聚为一支与传统相符合,不同地区桔梗叶绿体基因组序列存在显著差异,为后期开展分子鉴定及群体遗传学研究提供提供科学依据。     

苦荞遗传多样性分析与核心种质筛选--测试文章

利用SSR分子标记技术,对来自西藏、陕西、四川、贵州等4省区的210份苦荞品种进行遗传多样性研究。结果表明,所选用的50对SSR引物中,有16对引物多态性良好,共扩增出178个条带,其中多态性条带达118个,占总数的66.3%;210份苦荞种质的遗传变幅为0.62～0.98,平均值为0.80,在遗传相似系数为0.88处可划分为5大类。聚类结果显示,来自同一地区的苦荞品种显示出聚为一类的趋势,表明苦荞的遗传信息受地理分布的影响较大;第V类所聚的41份分别来自西藏（27份）、陕西（8份）和贵州（6份）的品种表现出较为丰富的遗传多样性,与其他种质相比,这41份材料不仅遗传差异较大,而且遗传来源广泛,可作为苦荞核心种质筛选的基础。     

69份苦玄参种质SSR遗传多样性及品质性状相关标记分析

目的:采用简单重复序列(SSR)分子标记技术对广西苦玄参主产区69份苦玄参种质样本进行遗传多样性及亲缘关系分析,并筛选与苦玄参苷含量相关联的优良种质基因。为苦玄参种质资源评价、遗传进化分析及分子标记辅助育种等提供依据。方法:基于转录组测序技术,开发20对引物进行批量扩增。利用各标记位点的遗传多态信息,分析69份苦玄参种质的遗传多样性及亲缘关系,并通过一元线性和多元逐步回归分析,筛选与苦玄参苷含量相关联的分子标记。结果:20对SSR引物共扩增出76个等位基因,平均每个位点观测等位基因3.8个,高于有效等位基因数(1.9692个),稀有等位基因率为38.2%,等位基因分布不均匀。等位基因多态率范围为0~59%,平均38.24%,各位点多态率差异较大。各位点多态信息含量(PIC)变化范围为0~0.6211,平均0.3780;Shannon多态性信息指数变化范围为0~1.2401,平均0.7590;Nei’s基因多样性指数(Nei)变化范围为0~0.6823,平均0.4409;以上3个指标最高的为P21,最低为P7,各位点遗传多样性存在较大差异。各位点平均观测杂合度为0.3824,低于平均期望杂合度(0.4425),表现为杂合子缺失;平均遗传分化系数Fst为0.3659;基因流Nm平均值为0.4332,种质遗传分化较大,基因流较小。一元线性回归分析和多元逐步回归分析结果表明,与苦玄参苷IA和IB相关的位点各有5个,其中仅有1个位点与2个成分的含量均相关。结论:20个SSR标记位点遗传多样性存在较大的差异,供试69份种质遗传分化大,基因流较小;从供试20个SSR标记中筛选出9个与苦玄参苷含量相关联的标记位点,试验结果可为苦玄参遗传进化分析及良种选育和繁育等提供依据。     

中性粒细胞减少性小肠结肠炎

中性粒细胞减少性小肠结肠炎（Neutropenic Ent-erocolitis,NE）乃一危及生命的严重疾病。它的特点是由严重骨髓抑制所致的小肠和结肠穿壁性炎症。近30年来,在各种不同的骨髓增生性疾病和恶性实体性肿瘤以及接受器官和骨髓移植的成人患者中,有关该病的报道在不断增多。     

急性脑梗死交感神经皮肤反应检测与临床相关性研究

目的 探讨急性脑梗死患者交感神经皮肤反应(SSR)变化特点及与病情严重程度之间的相关性.方法 将94例急性脑梗死患者分为3组:皮质-皮质下、基底节-丘脑及脑桥组,所有患者均于入院当天进行日常生活能力和临床神经功能缺损(MESSS)评分,并根据瘫痪程度进行分级.于入院3d内行SSR检查,并对检查结果进行分析.结果 (1)急性脑梗死SSR异常率为40.4%,异常率以基底节-丘脑组最高、皮质-皮质下组次之,脑桥组最低;(2)SSR异常率高及波形缺失者,患者肢体瘫痪、临床神经功能缺损程度重、日常生活能力低.SSR异常及波形缺失与瘫痪程度、MESSS评分呈正相关,与BI评分呈负相关.而潜伏期延长、波幅低与瘫痪程度、MESSS及BI评分无关.结论 (1)急性脑梗死后可出现交感神经反射活动的抑制.SSR检测技术可以定量评价急性脑梗死后交感神经的功能状态.(2)SSR异常及波形缺失反映了运动功能受损情况.     

利用SSR分子标记鉴别柴胡栽培种质的方法学研究

目的：建立利用简单重复序列（SSR）分子标记鉴别柴胡栽培种质的方法,初步形成可鉴别选育品系的SSR特征谱带数据。方法：从实验室先前设计的柴胡SSR引物序列中选择了50对,以2个选育品系和4份其他柴胡栽培种质为材料,筛选扩增效果好、多态性高的引物对,优化聚合酶链反应（PCR）扩增、电泳等条件,分析获得的SSR谱带,依据遗传距离构建聚类树图。结果：筛选出9对多态性高的引物,明确了检测条件,获得了试验种质的SSR特征谱带数据,在遗传相似系数为0.73处可将所有样品分为4类：黑龙江产红柴胡和川红柴1号品系聚为一类,川北柴1号品系和中柴1号品种聚为一类,四川枫顺和荣县产柴胡种质各独自聚为一类。结论：本研究筛选出的引物对和建立的检测方法可供柴胡种质鉴别参考使用。     

Application of multiple DNA fingerprinting techniques to study the genetic relationships among three members of the subgenus Trypanozoon (Protozoa: Trypanosomatidae)

Three different DNA fingerprinting techniques, the mobile genetic element (MGE)-PCR, simple sequence repeat (SSR)-PCR and random amplified polymorphic DNA (RAPD)-PCR, were used to define a large set of genetic markers to study genetic similarity within and among Trypanosoma brucei, Trypanosoma equiperdum and Trypanosoma evansi strains (n=18) from China, Africa and South America and to investigate their genetic relationships. Using the three fingerprinting techniques, >890 bands (ranging in size from 0.2 to 2kb) were defined for all 18 strains of Trypanosoma. Within each of the strains, 39-59 bands were defined. The similarity coefficients between strains ranged from approximately 41 to 94%, with a mean of 65%. There was more genetic similarity among strains within T. evansi (mean of approximately 79%) compared with T. equiperdum ( approximately 65%) and T. brucei ( approximately 59%). The similarity coefficient data were used to construct the dendrogram, which revealed that (irrespective of species) the majority of strains from China and South America grouped together to the exclusion of those from Africa. The exceptions were a T. brucei strain from Africa and a T. equiperdum strain of unknown origin. Hence, employing data sets generated using the three different fingerprinting methods, it was not possible to unequivocally distinguish among T. brucei, T. evansi and T. equiperdum, although there was a tendency for T. evansi strains to group together to the exclusion of T. brucei. The findings provide support for the hypothesis that T. evansi originated from a mutated form of T. equiperdum and stimulate further investigations of the genetic make-up and evolution of members of the subgenus Trypanozoon.