陕西产重楼属种质资源的SCoT遗传多样性分析

目的对陕西产重楼属6个类群的遗传多样性和亲缘关系进行分析。方法采用SCoT分子标记技术和非加权平均距离法(UPGMA)对陕西产重楼属6个类群48份样品进行遗传多样性和聚类分析。结果从82条SCoT引物中共筛选出12条多态性稳定、清晰的引物,48份重楼样品共扩增出152个DNA片段,多态性片段数为135,平均每个引物扩增出12.67个DNA片段,其多态性为88.82%;重楼属植物在物种水平上具有较高的遗传多样性,Nei’s基因多样性指数(H)为0.267 4,Shannon指数(I)平均值为0.404 1,居群间遗传分化系数(Gst)为0.517 9,种群间基因流(Nm)为0.465 4;6个类群重楼按遗传多样性水平排序为七叶一枝花宽叶重楼具柄重楼狭叶重楼宽瓣重楼北重楼,聚类分析可将北重楼组和其他重楼组区分开来,当遗传距离一定时,重楼属6个类群被完全区分开来。结论 SCoT分子标记可获得多态性丰富、清晰的条带扩增图谱,表明该技术可用于陕西产重楼属主要类群物种分子鉴定和亲缘关系研究,为筛选与药典收载种类近缘的可替代资源种类、指导合理利用地方种类自然资源提供了科学依据。     

基于SCoT标记的栽培栀子种质资源遗传多样性研究

目的利用SCoT标记对47份栀子种质资源的亲缘关系及遗传多样性进行了研究。方法采用NTSYS version 2.1软件计算遗传相似性系数,利用UPGMA法构建聚类树状图。结果从36条引物中筛选出20条多态性丰富的引物对供试材料进行PCR扩增,共获得154条谱带,其中多态性条带120条,多态性条带所占的比率(PPL)达78.14%,Nei-Li相似系数(GS)在0.655 8~0.980 5,平均值为0.784 1;聚类结果显示栀子遗传多样性丰富且亲缘关系复杂。结论研究表明SCoT标记技术可以很好地应用于栀子种质资源的遗传多样性分析,研究结果可为栀子育种、分类、保存和利用提供可靠的理论依据。     

川续断野生种质资源遗传多样性的SCoT分析

采用目标起始密码子多态性(SCoT)技术对66份川续断种质进行多态性检测,揭示野生川续断种质资源的遗传多样性。用TREECONW软件计算遗传距离,UPGMA方法构建亲缘关系树状图。结果表明,20条引物共检测到181个位点,其中109个为多态位点,占60.13%;遗传距离变化范围在0.030 6~0.181 4;聚类结果显示野生川续断种质分类与地理来源无明显相关性。野生川续断的遗传多样性水平较高,为改良种质资源提供了丰富的遗传基础。     

应用SCoT标记分析玄参种质资源的遗传多样性

目的:研究玄参种质资源的遗传多样性及亲缘关系。方法:应用目标起始密码子多态性(SCoT)技术对来源于全国各地的48份玄参种质进行遗传多态性分析。遗传距离采用TREECONW软件计算,UPGMA方法构建亲缘关系树状图。结果:28条引物共检测到279个位点,其中214个为多态位点,占76.7%。遗传距离变化范围在0.150 7～0.493 3。聚类结果显示栽培玄参亲缘关系较为复杂:有的种质具明显的地理相关性;有的种质聚类混杂,与地理分布无明显相关性;也有来源于同一地区的种质仅部分聚在一起,呈现出一定的地域性分布规律。结论:栽培玄参的遗传多样性水平较高,为优良品种的培育提供了丰富的遗传基础。     

黄花蒿品种(品系)群体遗传结构及遗传多样性的SCoT分析

利用SCoT分子标记分析国内外8个黄花蒿品种（品系）群体的遗传结构及遗传多样性,运用POPGENE软件计算相关遗传参数,UPGMA方法聚类生成树状图。结果表明:20条引物共检测到145个扩增位点,其中多态位点122个;物种水平上,PPB=84.1%,H=0.217 3和H_ap=0.341 9,表明8个黄花蒿品种（品系）的遗传多样性较高;在群体水平上,各遗传参数的平均值为PPB=41.9%,H=0.121 5,H_pop=0.186 8,表明遗传多样性较低;Nei’s基因多样性指数计算的遗传分化系数(G_st=0.441 0)说明大部分遗传变异存在于品种（品系）内;品种（品系）间存在基因流障碍（N_m=0.633 9）;品种（品系）间的Nei’s遗传一致度（I）为0.755 1-0.985 7;8个品种（品系）聚为2个大类,具有相同或相似遗传背景的品种（品系）具有聚为一类的倾向。研究结果显示,在黄花蒿品种选育中应加强育成品种的交流、增加优异基因的相互渗透,从而拓宽黄花蒿的遗传基础。     

黄连属部分药用植物遗传多样性与亲缘关系的SCoT分析

采用SCoT分子标记分析4种黄连属药用植物的遗传多样性和亲缘关系,并用POPGENE计算遗传参数,TREECONW软件进行聚类分析。结果表明:28条引物共检测到434条带,其中多态性条带430条;各遗传参数均表明黄连属药用植物种间的遗传多样性极为丰富(种间PPB=99.1%,N_a=1.990 6,N_e=1.329 3,H=0.212 2,I=0.337 8),但种内遗传多样性较低(种内PPB=16.8%,N_a=1.168 2,N_e=1.073 0,H=0.043 7,I=0.067 7);遗传分化系数G_(st)=0.794 0,说明79.4%的遗传变异来源于种间;同种黄连属药用植物的不同植株均聚在一起,证实SCoT分子标记可作为黄连属药用植物亲缘关系研究的有效方法之一。     

基于ISSR、SCoT、SRAP标记的川续断属药用植物亲缘关系研究

目的研究9种川续断属药用植物的亲缘关系。方法采用ISSR、SCoT、SRAP 3种分子标记进行多态性检测,TREECONW分析软件计算遗传距离,UPGMA方法构建树状聚类图。结果 ISSR、SCoT、SRAP标记揭示的多态百分率差异不大,分别为90.4%、88.5%、88.2%,均表明供试材料的遗传多态性极为丰富;3种标记均揭示日本续断与大头续断之间遗传距离最大,表明二者亲缘关系最远;3种标记均将川续断属9种药用植物聚为3类,即大头续断与丽江续断、深紫续断与日本续断分别聚为一类,峨眉续断单独为一支,其余4个种聚为一类;ISSR标记和SRAP标记的聚类结果基本相同,仅是大理续断和川续断聚类先后略有差异。结论 3种标记的聚类结果与经典分类具有很好的吻合度,证实了分子标记技术的可靠性,可作为川续断属植物亲缘关系研究的有效方法之一。     

铁皮石斛SCoT-PCR反应体系的优化

目的 对铁皮石斛的目标起始密码子(start condon targeted polymorphism,SCoT)多态性反应体系进行优化,为进一步对铁皮石斛遗传多样性的SCoT分析奠定基础.方法 以铁皮石斛的新鲜叶片为试验材料,采用控制单一变量的方法分别研究模板DNA用量、引物浓度、TaqDNA聚合酶用量、dNTPs浓度、及退火温度共5个因素对SCoT-PCR扩增结果的影响.结果 铁皮石斛SCoT标记的20 μL优化反应体系为:DNA模板20 ng、引物浓度为30 μmol/L、Taq DNA聚合酶用量为1.0 U、dNTP浓度为100 μmol/L.适宜的PCR扩增程序为95℃预变性4 min; 95℃变性50 s,56.1℃复性退火40 s,72℃延伸2 min,循环36次;72℃延伸5 min,4℃保存.1.5％琼脂糖凝胶电泳显示扩增产物在600～2 000 bp.结论 该体系的建立为铁皮石斛种质遗传多样性分析、分子标记辅助育种等研究奠定了基础.     

冷胁迫下铁皮石斛抗寒相关基因的SCoT差异表达分析

为了探讨铁皮石斛在冷胁迫下相关基因表达差异的分子机制,选用抗寒性较强的铁皮石斛种质,分别构建了冷胁迫处理总RNA混合池,利用反转录cDNA进行SCoT PCR进行差异表达分析.通过64条引物筛选了约500个cDNA片段,获得差异片段11个,并进行割胶回收、克隆、测序和序列分析.结果表明,利用SCoT方法可以筛选出冷胁迫下铁皮石斛的抗寒相关基因,获得的基因片段分别与膜相关蛋白、渗透调节蛋白、CBF转录因子、抗逆性蛋白有很高的同源性,还有1个基因片段功能未知,可能与铁皮石斛的抗寒有关.     

基于SCoT分子标记的金花茶组植物种质资源遗传多样性分析

目的利用SCoT分子标记技术分析27份金花茶组植物种质资源的遗传多样性和亲缘关系,为金花茶组植物种质资源鉴定保护和开发利用提供理论依据。方法从100条SCoT引物中筛选出条带重复性好、多态性高的引物对供试材料进行PCR扩增,用NTsys 2.10e计算种质间的遗传相似系数,用非加权平均距离法(UPGMA)进行聚类分析,构建系统发育进化树。结果从100条SCoT引物中筛选出13条引物共扩增出566条条带,其中多态性条带549条,多态性比率为97%,平均每条SCoT引物扩增的总条带数和多态性条带数分别为43.54、42.23条,多态性比率为89.74%～100.00%,平均为96.82%;27份金花茶组植物种质间的遗传相似系数为0.367～0.754。聚类分析结果显示,遗传相似系数在0.480处可将27份金花茶种质划分为Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ、Ⅴ 5组,遗传相似系数在0.511处第Ⅰ组被划分为a、b亚组,在0.517处第Ⅱ组被划分为c、d亚组,在0.508处第Ⅳ组被划分为e、f亚组。结论不同金花茶组植物种质间的遗传多样性丰富,SCoT分子标记多态性高,重复性好,可有效用于金花茶组植物种质资源遗传多样性分析,为金花茶组植物种质资源的鉴定保护、分子辅助育种和开发利用提供理论依据。