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1.
目的:观察电针对脊髓损伤小鼠神经功能及病理形态的影响,从基因和生物信息学层面探讨电针对脊髓损伤小鼠的抗炎作用及相关分子机制。方法:雌性C57BL/6小鼠随机分为假手术组、模型组及电针组,每组24只。采用钳夹法制备脊髓损伤小鼠模型。电针组于造模后3 h电针双侧“足三里”“夹脊”,每次10 min,每日1次,连续14 d。采用Basso Mouse Scale(BMS)评分评估小鼠后肢运动功能变化;HE染色法观察脊髓损伤区病理形态;RNA-Seq技术筛选差异基因并进行生物信息学分析;采用荧光定量PCR和Western blot法验证部分差异基因的mRNA及蛋白的表达。结果:与假手术组相比,模型组BMS评分降低(P<0.05);HE染色显示模型组脊髓损伤区结构疏松紊乱,出现空洞,炎性细胞浸润严重,细胞核固缩,神经元坏死;模型组共筛选出565个差异基因(包括545个上调和20个下调),其中与炎性免疫相关的基因为脂肪酸结合蛋白4(Fabp4)、脂联素(Adipoq)、磷酸烯醇式丙酮酸羧激酶1(Pck1),其mRNA表达量均显著升高(P<0.001),蛋白表达量亦显著升高(P<0... 相似文献
3.
《武汉大学学报(医学版)》2019,(5):762-768
目的:运用生物信息学方法探索CYP2U1基因在膀胱癌中的表达差异情况及与预后的相关性。方法:从GEO网站下载基因芯片GSE7476、GSE13507、GSE40355的数据集,用R软件筛选膀胱癌和正常膀胱组织之间的差异表达基因,以及与预后(总生存和肿瘤特异性生存)相关的基因。然后将公共上调基因与不良预后基因取交集,公共下调基因与良好预后基因取交集,筛选出目标分子,并后续进行表达差异验证,临床指标相关性分析,以及功能预测。结果:一共筛选出上调且与不良预后相关的基因45个,下调且与良好预后相关的基因1个,并将下调基因CYP2U1作为目标分子。CYP2U1在各个数据集及数据库中呈低表达,且与良好预后、肿瘤N分期相关。GSEA结果显示其相关信号通路为KRAS信号通路、凋亡、上皮间质转化、Hedgehog信号通路和IL-2/STAT5信号通路。结论:CYP2U1可能在膀胱癌的发病过程中发挥重要的作用,可能在将来被用作潜在的人类膀胱癌的治疗靶点和/或诊断标志物。 相似文献
5.
目的 依据基因表达芯片数据筛选原始神经外胚层肿瘤(primitive neurotodermal tumor,PNET)患者肿瘤组织的差异表达基因及关键蛋白,为其临床治疗提供新的理论依据。方法 从基因芯片公共数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)获取GSE74195基因芯片数据集,筛选PNET肿瘤组织与正常小脑组织的差异表达基因,同时进行功能注释(GO)、通路分析(KEGG)及蛋白互作网络分析。结果 筛选出340个表达显著上调的差异基因(FC>3,P<0.01),经功能注释和通路分析,发现这些基因富集于细胞周期、有丝分裂及细胞增殖等过程,KEGG 通路富集显示主要集中于细胞周期和ECM受体相互作用等通路。经蛋白质相互作用网络构建,筛选出5 个关键蛋白分子,即UBA52、UBC、CDK1、CENPK及NDE1。结论 筛选出PNET肿瘤中高表达基因及关键蛋白,为PNET发病机制及潜在的治疗靶点研究提供新思路。 相似文献
6.
目的探讨肺腺癌转移相关转录因子1(MALAT1)在子宫内膜异位症(endometriosis,EMS)中的表达及其诊断价值。方法于GCBI平台收集并分析EMS相关样本基因信息,筛选出MALAT1基因;提取EMS患者及非子宫内膜异位症患者(非EMS)组织及血清样本中的总RNA,qRT-PCR验证MALAT1基因的表达水平,并分析其与月经周期的关系,采用ROC曲线分析血清MALAT1鉴别EMS的效能。结果 GCBI平台基因信息分析结果提示,与非EMS组相比,EMS组中MALAT1基因表达下调1.35倍(t=-3.27,P0.01);EMS患者卵巢囊肿组织及在位内膜MALAT1的表达水平(0.41±0.18,0.61±0.12)均低于非EMS患者子宫内膜组织(1.05±0.34),差异有统计学意义(t分别为5.87和4.48,P0.01),但与EMS患者及非EMS患者月经周期均无关(t分别为1.54和1.52,P0.05);EMS患者卵巢异位囊肿组织MALAT1的表达水平低于其在位内膜(t=3.77,P0.01);EMS患者血清MALAT1表达水平(0.60±0.18)低于非EMS患者(1.05±0.32),差异有统计学意义(t=5.18,P0.01);ROC曲线下面积(AUCROC)为0.88,当cut-off值为0.74时,MALAT1鉴别EMS的敏感性和特异性分别为82.4%和92%,约登指数为74.4%。结论 MALAT1的低表达可能与EMS发生、发展有关,血清MALAT1水平对EMS具有一定的鉴别价值。 相似文献
7.
目的 利用基因表达谱筛选与原发性干燥综合征(pSS)相关基因和潜在小分子治疗药物。方法 在GEO数据库获取并分析3个pSS相关基因表达谱,获得差异表达基因,并对差异基因进行GO与KEGG富集分析,通过蛋白互作网络(PPI)筛选pSS的hub基因并验证。最后,利用Cmap数据库预测pSS的潜在治疗药物,并结合药物靶点和药物途径探讨潜在药物在pSS治疗中的作用。结果 共鉴定出90个pSS相关差异基因,其中79个上调基因, 11个下调基因,它们主要参与NOD样受体信号通路、甲型流感和细胞因子 细胞因子受体相互作用通路。此外,通过筛选、验证,鉴定出19个hub基因(STAT1、MX1、ISG15、IFIH1、GBP1、IFIT1、XAF1、RSAD2、IFIT2、SAMD9L、TRIM22、IFIT3、IFI44L、HERC5、IFIT5、IFI44、IFI6、RTP4和ISG20),多个是干扰素诱导基因。干扰素可能在pSS发病中起重要作用。最后,通过CMAP数据库筛选出氟替卡松、氯唑西林等15种候选药物,并对其作用通路与靶点分析。结论 本研究通过对pSS hub基因和候选药物的筛选,可以进一步了解pSS的发病机制,为pSS的进一步研究提供线索。 相似文献
8.
目的 应用生物信息学技术寻找乌司奴单抗治疗寻常型银屑病无应答患者中的差异表达基因,分析信号通路,探讨不应答机制。方法 在Gene Expression Omnibus (GEO)下载GSE117239数据库。以P<0.05及|logFC|≥1.5为标准筛选表达差异基因。通过String数据库进行蛋白互作网络(PPI)分析,使用Cytoscape的cytohubba插件提取关键目标和子网络。使用Funrich对表达差异基因进行GO分析,最后使用ConsensusPathDB数据库进行KEGG pathway分析。结果 发现76个差异基因,其中上调基因48个,下调基因28个。GO分析显示上调基因主要富集的生物过程为细胞定位、免疫效应过程、细胞组分生物合成、细胞活化、细胞死亡。下调基因主要富集的生物过程为调节血液循环、血管生成、血管发育以及组织迁移等。KEGG分析显示差异基因主要富集的信号通路为:核糖体、凋亡、多糖降解、溶酶体等信号通路。PPI网络分析出的10个枢纽基因为:CCL20、CXCL9、S100A9、S100A12、ARG1、OAS1、OASL、IL36G、SERPINB4、... 相似文献
9.
背景:骨关节炎的发生与多种危险因素相关,目前除手术治疗外尚无有效的治疗方案,与骨关节炎相关的调控基因参与骨关节炎的发生与发展,而骨关节炎的基因调控网络尚未建立完全.目的:对骨关节炎基因芯片数据集进行生物信息学分析,寻找骨关节炎新型生物学标志物并对MYC和JUN基因进行实验验证.方法:采用GEO数据库在线分析工具GEO2... 相似文献