结核分枝杆菌DNA分型技术及其应用

在结核分枝杆菌基因组插入序列中，IS6110是最有特点的插入序列，同时结核分枝杆菌基因组内除IS6110插入序列外。还有多个插入序列和重复元件。如IS1081、PGRS、VNTR、DR等等，利用这些插入序列或重复序列，通过扩增或酶切杂交获得象人体指纹一样的特异带型，即DNA指纹图谱，由此建立的方法就称为DNA指纹技术。     

RHD等位基因37bp和RHC等位基因109bp插入序列检测

目的研究RHD等位基因37bp插入序列和RHC等位基因109bp插入序列是否存在多态性。方法应用PCR—SSP技术检测82例汉族RhD阳性样本,206例汉族和70例维族RhD阴性样本RHD等位基因37bp插入序列和RHC等位基因109bp插入序列。结果上述样本均检测不到RHD基因37bp插入序列,即无RHD山假基因。82例汉族RhD阳性样本中有76例样本有RhC抗原,其中3例（3．95％）检测不到109bp插入片段;206例RhD阴性汉族样本中有75例样本有RhC抗原,其中4例（5．33％）检测不到109bp插入片段;70例RhD阴性维族样本中,无RhCC表型,3例RhCc样本均检测到109bp插入片段;其余204例Rhcc表型样本均未检测到109bp插入序列。结论中国人RHC等位基因109bp插入序列存在多态性,尚不能肯定中国人是否不存在RHDψ假基因。     

RHD等位基因37bp和RHC等位基因109bp插入序列检测

目的研究RHD等位基因37bp插入序列和RHC等位基因109bp插入序列是否存在多态性。方法应用PCR—SSP技术检测82例汉族RhD阳性样本,206例汉族和70例维族RhD阴性样本RHD等位基因37bp插入序列和RHC等位基因109bp插入序列。结果上述样本均检测不到RHD基因37bp插入序列,即无RHDψ假基因。82例汉族RhD阳性样本中有76例样本有RhC抗原,其中3例（3．95％）检测不到109bp插入片段;206例RhD阴性汉族样本中有75例样本有RhC抗原,其中4例（5-33％）检测不到109bp插入片段;70例RhD阴性维族样本中,无RhCC表型,3例RhCc样本均检测到109bp插入片段;其余204例Rhcc表型样本均未检测到109bp插入序列。结论中国人RHC等位基因109bp插入序列存在多态性,尚不能肯定中国人是否不存存RHDψ假基因。     

IS6110-限制性片段长度多态性DNA分型在结核分子流行病学研究中的应用

目的 建立宁夏、北京和上海等地结核分支杆菌发离株IS6110－RFLP DNA指纹图谱，观察其流行病学特征。方法 提取结核分支杆菌基因组DNA，经限制性内切酶PvuⅡ切割、琼脂糖凝胶电泳和Southern转印后，用荧光标记的IS6110DNA序列中245bp探针杂交，以核酸化学发光试剂盒探测荧光信号，比较各菌株指 IS6110拷贝数和带型，分析不同地理区域流行菌株的特点。结果 103例结核患的临床分离株，经245bp探针杂交后的指纹图谱显示大部分菌株含8－21个IS6110拷贝，在宁夏和北京地区流行的结核分支杆菌带型具有共同特点，并有成簇分布的现象，在上海分离株中发现1株零拷贝株和1株单拷贝株。结论 IS6110－RFLP DNA分型方法可用于我国流行的结核分支杆菌分子流行病学研究；宁夏分离株与北京分离株在基因上亲缘关系较相近。     

多药耐药肺炎克雷伯菌噬菌体原/噬菌体、整合子、转座子、插入序列及质粒遗传标记分析

目的 调查多药耐药肺炎克雷伯菌(MDRKP)中噬菌体原/噬菌体、整合子、转座子、插入序列和质粒等可移动遗传元件遗传标记的存在情况.方法 收集2008年8月-2010年5月6所医院共47株MDRKP,采用聚合酶链反应(PCR)及序列分析的方法,分析12种噬菌体原/噬菌体、3种整合子、7种转座子插入序列和两种质粒共24种可移动遗传元件遗传标记.结果 该组MDRKP共检出1种噬菌体原/噬菌体、1种整合子、6种转座子和插入序列、两种质粒遗传标记.结论 携带Ⅰ类整合子(intⅠ 1)、插入序列(IS26、IS903、ISEcp1、ISKpn6)、耐药质粒(trbC)是该组MDRKP耐药的一个重要原因,MDRKP同时作噬菌体原/噬菌体、整合子、转座子、插入序列和质粒等遗传标记检测为国内首次.     

耐碳青霉烯铜绿假单胞菌耐药机制和传播机制研究

目的阐明南方医科大学南方医院耐碳青霉烯铜绿假单胞菌的耐药机制和传播机制。方法采用聚合酶链反应(PCR)-限制性核酸片段长度多态性分析分型和测序技术对临床分离的59株耐碳青霉烯铜绿假单胞菌进行整合子Ⅰ、插入序列共同区(ISCR1)和常见碳青霉烯酶基因研究,采用肠杆菌科间重复一致性序列(ERIC)-PCR技术研究传播机制。结果 59株菌株中20株(34%)整合子Ⅰ阳性,17株(29%)整合子Ⅰ可变区阳性;9株(15%)ISCR1阳性,5株(8%)ISCR1可变区阳性且均携带qnrA1和ampR耐药基因盒。1株检出复杂性整合子Ⅰ,3株检出VIM-2基因,2株检出IMP-1基因。ERIC-PCR聚类分析在80%相似水平上聚为52个类群。结论整合子Ⅰ、ISCR1和碳青霉烯酶在铜绿假单胞菌介导多重耐药方面有重要作用,ERIC-PCR是进行铜绿假单胞菌同源性分析的有效方法。     

革兰阴性杆菌产β-内酰胺酶及其耐药分子机制的研究

目的分析革兰阴性杆菌所产β-内酰胺酶的表型及基因分型,并研究其耐药分子机制。方法用纸片扩散初筛试验、扩散确证试验进行超广谱β-内酰胺酶（extended spectrum beta-lactamases,ESBLs）表型检查,头孢西丁三维试验进行AmpCβ-内酰胺酶的表型检查,纸片协同试验筛选产金属β-内酰胺酶（metallo-beta-lactamase,MBL）菌株;用多重PCR技术扩增β-内酰胺酶基因并进行DNA测序;用PCR技术扩增基因元件整合子、插入序列ISEcp1B和转座子tnpU;用MIC药敏法分析革兰阴性杆菌的药物敏感性。结果①革兰阴性杆菌β-内酰胺酶的表型总检出率为24.28%（42/173）,主要由单产ESBLs引起,占13.29%,β-内酰胺酶的基因型总检出率为24.86%;②整合子检出49株占28.32%,ISEcp1B插入序列检出29株占16.76%,转座子tnpU检出28株占16.18%,基因元件阳性的菌株大多数β-内酰胺酶表型为阳性;③β-内酰胺酶阳性菌株对抗生素的耐药率显著高于阴性菌株。结论革兰阴性杆菌可携带多种β-内酰胺酶,基因元件广泛分布于革兰阴性杆菌中,可能在多重耐药机制中起重要作用。     

耐碳青霉烯类药物肺炎克雷伯菌β-内酰胺酶与膜孔蛋白编码基因以及KPC-ISKpn6连锁检测

目的 探讨耐碳青霉烯类药物肺炎克雷伯菌的耐药机制.方法 对南京地区两家三甲综合性医院的耐碳青霉烯抗菌药物肺炎克雷伯菌临床分离株,采用PCR方法对其40种β-内酰胺酶基因、膜孔蛋白编码基因及KPC-ISKpn6连锁进行检测,PCR阳性产物进行测序,测序结果BLAST对比分析.结果 24株耐碳青霉烯类药物肺炎克雷伯菌的A类β-内酰胺酶编码基因TEM-1及SHV的阳性检出率为100％ (24/24)、KPC-2的阳性检出率为95.8％ (23/24)、LAP-2的阳性检出率为45.8％ (11/24),C类β-内酰胺酶编码基因DHA的阳性检出率为4.2％ (1/24),KPC-ISKpn6连锁检测阳性率为95.8％ (23/24),膜孔蛋白编码基因ompK35与ompK36的突变率分别为95.8％ (23/24)及100％(24/24).结论 本组肺炎克雷伯菌β-内酰胺酶TEM-1、SHV、KPC-2、LAP-2的携带率较高,其中KPC-2的高携带率及膜孔蛋白编码基因ompK35、ompK36的高突变率是本组肺炎克雷伯菌对碳青霉烯类抗菌药物耐药的主要机制;插入序列ISKpn6可能参与了KPC-2基因的介导.     

多药耐药鲍氏不动杆菌耐药性与转座子及插入序列遗传标记研究

目的探讨多耐药鲍氏不动杆菌耐药性与转座子、插入序列等遗传原件之间的关系。方法 K-B法进行药物敏感试验,PCR进行转座子、插入序列遗传标记检测,并测序。结果临床分离的鲍氏不动杆菌对12种常见抗菌药物耐药率分别为头孢噻肟78.9%、头孢他啶63.1%、头孢吡肟78.9%、头孢西丁100.0%、亚胺培南73.7%、美罗培南73.7%、氨苄西林/舒巴坦78.9%、阿莫西林/克拉维酸78.9%、阿米卡星52.6%、庆大霉素57.8%、环丙沙星78.9%、四环素78.9%;转座子tnp513和插入序列遗传标记ISaba1、IS26检出率分别为47.4%、78.9%、47.4%。结论多药耐药鲍氏不动杆菌的耐药性与转座子和插入序列遗传标记有一定的关系。     

结核分枝杆菌IS6110探针的克隆化

目的 制备克隆化结核分枝杆菌IS6110探针。方法 将IS6110的PCR扩增245bp片段克隆至质粒载体pCR2.1中。结果 得到了含有IS6110克隆化245bp的质粒菌析。结论 克隆化的探针易操作且一致性较好。