人参内生菌的研究进展

内生菌由细菌、真菌、古菌和原生生物组成，它们生活在植物的活体组织中，具有丰富的次级代谢产物多样性。人参内生菌在人参的生长发育、次级代谢产物的生成和环境适应等方面均有重要的促进作用，对人参的产量和品质有较大影响。随着人们在微生物领域研究的深入，高通量测序技术已经成为研究植物内生菌的重要方法。文章主要从人参内生菌分离与鉴定研究方法、人参内生菌的多样性、人参内生菌及其次级代谢产物的活性、人参内生菌对宿主的影响等4个方面对人参内生菌近年来的研究进展进行讨论，并对其发展方向提出展望，以期为药用植物内生菌研究和品质改良提供新思路、新方法。     

双重实时荧光PCR快速鉴别人参和西洋参＊

目的 建立一种能够快速鉴定人参和西洋参的双重实时荧光PCR方法。方法 通过对人参属及其近似种基因序列的分析比对，设计特异性的引物探针，建立双重实时荧光PCR检测方法。PCR反应体系为Premix Ex Taq （Probe qPCR） 10 μL，人参上下游引物各0.5 μL，西洋参上下游引物各0.3 μL，人参与西洋参特异性探针各0.4 μL，DNA模板2 μL，灭菌去离子水补至20 μL。反应条件为95℃预变性30 s；然后以95℃变性5 s，60℃退火延伸30 s进行40个循环。应用该方法测试了27份DNA样品，包括7份人参、6份西洋参、4份人参与西洋参混合样、10份其他人参属样品及其他常见中药材样品的DNA，以确定该方法的特异性。将人参与西洋参样品DNA混合后10倍稀释成不同浓度后进行检测，用以确定该方法的灵敏度。结果 人参及西洋参样品均在特定的荧光通道下出现典型的阳性扩增曲线，人参与西洋参混合样品均同时出现两条阳性扩增曲线，其它对照样品及空白对照均没有出现阳性扩增曲线。灵敏度检测结果显示该方法检测人参及西洋参的最低检测限均为2 pg DNA/反应。结论 本实验建立的双重实时荧光PCR方法能够同时快速、准确、灵敏地鉴别出人参和西洋参。     

PCR技术鉴定南水北调中线水源地淡水虾囊蚴并行系统进化分析

目的:基于PCR结合测序分析建立一种准确判断淡水虾类感染吸虫囊蚴的分子鉴定方法,并对其系统进化进行分析,追溯其起源。方法:采用肌肉压片直接挑取法取出囊蚴,试剂盒提取基因组DNA。用吸虫通用引物对所提DNA进行PCR扩增,琼脂糖凝胶电泳鉴定。PCR阳性样本采用各类吸虫特异性引物分别进行扩增,PCR产物电泳鉴定,阳性样本送公司进行双向测序。使用DNAstar软件拼接序列,离线软件MEGA5比对测序结果并建立系统进化树并分析其起源。结果:制作虾肌肉压片20张共挑取囊蚴32个,获取了囊蚴基因组DNA。三对通用引物均扩出480 bp左右的单一条带。吸虫特异性引物扩增时,仅有针对于吸虫异形科的ITS2和28S rRNA序列分别扩增出了约480 bp和1 300 bp的特异性条带。软件分别拼接出了419 bp和770 bp的截断序列。系统进化树分析显示,虾类所感染吸虫囊蚴有两种,分别与Neochoanostoma spp和Dimerosaccus oncorhynchi高度同源。结论:应用PCR结合测序分析在十堰地区首次建立了淡水虾类囊蚴的分子鉴定方法,为我国吸虫系统分类和南水北调中线水源地食源性吸虫病的研究奠定了基础。     

微滴式数字PCR和实时荧光定量PCR对新型冠状病毒肺炎患者不同时间血便尿中核酸检测结果初步探讨

目的 分析微滴式数字PCR(droplet digital PCR, ddPCR)和实时荧光定量PCR(quantitative real-time PCR,qPCR)的核酸检测结果,比较两种方法检测各类样本的差异性,为改进新型冠状病毒核酸检测方案提供数据支持。 方法 利用ddPCR和qPCR技术对已经确诊的3例新型冠状病毒肺炎患者发病不同时间的全血、尿液、粪便共22份标本进行新型冠状病毒核酸检测。 结果 两种方法对人保守区域基因扩增结果一致:全血标本信号最强,尿液次之,粪便最少;ddPCR在1份全血,1份尿液,5份粪便中检出ORF-1ab和N基因的阳性微滴,qPCR仅在3份粪便中检出上述基因,漏检的3个标本基因拷贝数平均浓度为128 copies/ml;ddPCR在发病<5、5~15、>15 d的各类标本中都有检出,qPCR检出以中晚期为主;重症病例用ddPCR均可测到阳性微滴,qPCR检测的各类标本均为阴性;轻症病例的各类标本中qPCR只有粪便核酸检测阳性,ddPCR检出率高于qPCR。 结论 ddPCR可以有效克服qPCR 灵敏度不足的难题,是对qPCR 的有益补充,尤其是针对病毒载量比较低的血液、尿液和可疑的粪便或肛拭子标本,适用于早期感染的判断及患者治愈后出院诊断。     

PCR仪与测序仪应用于丙型肝炎病毒基因型检测的临床效果观察

目的:观察PCR仪与测序仪在丙型肝炎病毒(HCV)基因型检测中的应用。方法:选择2018年1月~2018年12月收治的134例HCV感染患者为研究对象,给予患者PCR仪检测、测序仪检测。结果:测序仪检测134例均可分型,PCR仪检测130例患者可分型,4例未能分型。PCR检测结果:134例HCV感染患者中,1b型59例,2a型47例,3a型6例,3b型15例,6a型3例,4例为分出型别。基因测序结果:134例均可分型:1型59例,2a型40例,2i型7例,3a型6例,3b型15例,6a型3例,6n型4例。PCR仪检测法检测符合率97.0%。结论:PCR仪测序仪检测用于丙型肝炎病毒基因型检测,操作便捷,但其只能检测探针覆盖的型别,个别罕见型别不能分型。     

高迁移率族蛋白B1在糖尿病足患者外周血中的表达及意义

目的:探讨高迁移率族蛋白B1(HMGB1)在糖尿病足患者外周血中的表达及临床意义。方法:收集92例2型糖尿病足患者静脉血标本作为试验组(糖尿病足组),另外取98例非糖尿病足2型糖尿病患者作为对照(糖尿病组),101例健康人作为正常对照组,采用酶联免疫吸附测定法检测受检对象外周静脉血中HMGB1、MMP9和AGE的表达量。结果:与正常对照组相比,糖尿病足组患者和糖尿病组患者血清中HMGB1、MMP9和AGE的表达量显著升高,差异有统计学意义(P<0.05);与糖尿病组患者相比,糖尿病足组患者HMGB1、MMP9和AGE表达量显著升高,差异有统计学意义(P<0.05);糖尿病足组患者血清中HMGB1的表达量与AGE(r~2=0.31)和MMP9(r~2=0.77)的表达量呈现正相关(P<0.05)。结论:糖尿病足患者外周血中HMGB1的表达量明显升高,其可能是糖尿病足发病机制中的重要参与者。