荧光定量聚合酶链反应法比较标准管家基因3-磷酸甘油醛脱氢酶、β-肌动蛋白、酸性核糖体磷蛋白P0及18S核糖体RNA在老年大鼠不同组织中的表达

背景:反转录聚合酶链反应用于基因表达分析越来越显示出其重要性,其中合适的内参基因选择很重要,目前并没有适合于所有体系可作为内参的管家基因.人鼠是常用动物模型,选择合适的大鼠管家基因作为内参尤其必要.目的:比较分析使用最广泛的4个标准管家摹因3-磷酸甘油醛脱氢酶、β-肌动蛋白、酸性核糖体磷蛋白P0及18S核糖体RNA在老年大鼠肝、肾、心、肺组织和大脑皮质中的表达情况.设计、时间及地点:观察对比实验,于2007-07/08在泰山医学院生命科学研究所分子生物学实验室及泰安市疾控中心病毒检测中心实验室完成.材料:选用老年SD大鼠3只,用于检测管家基因表达情况.方法:采用反转录实时荧光聚合酶链反应技术检测老年大鼠肝、肾,心、肺组织和大脑皮质中有着不同表达丰度和功能的4个管家基因3-磷酸甘油醛脱氢酶、β-肌动蛋白、酸性核糖体磷蛋白P0及18S核糖体RNA的表达情况.主要观察指标:老年大鼠不同组织内4个管家基因的表达水平及不同组织间的表达差异.结果:①酸性核糖体磷蛋白P0在老年大鼠不同组织间表达差异最小.②老年大鼠肾组织中表达最稳定的管家基因是β-肌动蛋白:心脏组织和肺组织中表达最稳定的管家基因是3-磷酸甘油醛脱氢酶.结论:老年大鼠组织间信使RNA分析仅用1个内参基因是不合适的,至少应该使用两个参照基因,1个选用18S核糖体RNA:另一个基因的选择标准如下:适用于分析不同组织间基因表达情况的内参基因是酸性核糖体磷蛋白P0,而心脏和肺组织研究适用3-磷酸廿油醛脱氢酶,肾组织研究适用β-肌动蛋白.     

纹带棒状杆菌多位点序列分型及应用

目的:建立纹带棒状杆菌的多位点序列分型（MLST）方法,探讨临床分离纹带棒状杆菌的种群结构和遗传进化关系。方法:筛选出7个管家基因（ gyrA、 gyrB、 hsp65、 sodA、 secA1、 rpoB、16S rRNA）,设计引物并进行PCR...     

2017-2019年贵州省结核分枝杆菌多位点序列分析及与耐药的相关性

目的了解贵州省2017-2019年结核分枝杆菌分离株的等位基因型别特征及其与耐药的相关性,为贵州省结核病的防治提供科学依据。方法收集贵州省毕节市、安顺市、仁怀市和威宁县4个国家级结核病耐药监测点2017-2019年分离的52株结核分枝杆菌,采用基于7个管家基因位点(recX、rpsl、rmlC、rpmG1、mprA、gcvH、ideR)的MLSA技术进行ST分型。选用异烟肼(INH)、链霉素(SM)、乙胺丁醇(EMB)、利福平(RFP)、卡那霉素(KAM)和氧氟沙星(OFX)6种抗结核药物对52株结核分枝杆菌进行药敏试验,分析菌株耐药与ST型别的相关性。结果52株结核分枝杆菌经MLSA分为11个ST型,其中优势ST型为ST11型(占32.7%)、ST1(占23.1%)和ST5型(占15.4%)。药敏试验显示,52株结核分枝杆菌总耐药率为42.3%(22/52),其中单耐药率为15.4%(8/52),耐多药率为19.2%(10/52),多耐药率为3.8%(2/52)。基于7个管家基因位点的聚类分析和最小间距图分析结果显示,ST2、ST4和ST6型菌株全部为敏感菌株,ST7和ST8型菌株均为多耐药菌株,ST9型菌株均为耐多药菌株,其余ST型由耐药和敏感菌株构成。结论贵州省2017-2019年结核分枝杆菌以ST11、ST1和ST5型为主,ST型呈现多样性。菌株以单耐药和耐多药为主,ST型与耐药具有一定的相关性。     

麦氏弧菌多位点序列分型方法的建立与应用

目的建立针对麦氏弧菌的多位点序列分型（MLST）方法,评价该方法的分型效果,并对收集的麦氏弧菌进行MLST分析。方法筛选出7个管家基因（ftsZ、gapA、mreB、gyrB、purM、recA、ropA）,设计特异引物,在17株麦氏弧菌中PCR扩增管家基因序列。 用DnaSP 6.12.03软件和Split tree 4.0软件评价基因多态性、中性进化和基因重组情况;根据7个管家基因的序列差异获得对应的序列分型（ST）型别,用BioNumerics 7.1软件对不同ST型别构建最小生成树和聚类图,并用eBURST 3.0软件计算克隆复合体（CCs）。结果所选的管家基因具有足够多的等位基因位点、序列差异和足够高的分辨率;7个管家基因的Split tree对所有麦氏弧菌的聚类一致;中性试验结果显示,7个管家基因在进化过程中受遗传漂变的影响较小。 MLST将17株麦氏弧菌分成14个ST型别,大多数菌株（64.70%）均单独形成一个ST型别,其中ST007形成了可能的优势克隆群。 这些菌株之间存在相对较远的遗传距离,在垂直传播上呈现出潜在的地域聚集性。结论本研究建立的麦氏弧菌的MLST方法能分析麦氏弧菌的种群结构和遗传进化关系。     

胃癌中管家基因表达的恒定性研究

目的观察胃癌中管家基因的表达是否恒定。方法通过分析胃癌基因表达序列分析数据库(SAGE),观察胃癌中管家基因的表达是否恒定。同时运用逆转录多聚酶链反应(RT-PCR)分别测定胃癌组织、正常组织中管家基因GAPDH、β-actin mRNA的表达情况,并进行半定量灰度分析,对结果进行验证。结果通过分析胃癌SAGE数据库中管家基因的拷贝数,发现在不同病变组织以及病变组织与正常组织间多数管家基因的表达是不恒定的。GAPDH、β-ac-tin在胃癌中的表达发生明显改变,与正常组织比较,差别均有统计学意义(P<0.01)。结论胃癌中管家基因表达的不恒定性普遍存在。由于管家基因在胃癌中的表达不恒定,在运用RT-PCR技术对胃癌基因表达进行定量分析时,应选择适当的2种或2种以上的内参基因,以减少检测标本间的差异。     

2型糖尿病患者外周血管家基因表达水平比较

目的 观察管家基因β-肌动蛋白(β-actin)、信号识别颗粒14(SRP14)和18S-rRNA在2型糖尿病(T2DM)患者和健康对照人群外周血中的表达差异.方法 提取外周血白细胞RNA,经逆转录和聚合酶链反应,应用荧光标记技术及GenomeLab GeXP基因表达分析系统检测3个管家基因的表达水平.结果 3个管家基因在T2DM组和健康对照组中SRP14表达的差异最小,β-actin次之,18S-rRNA的表达差异较大.结论 管家基因SRP14和β-actin可作为检测T2DM相关基因表达水平的内部参考基因.     

LncRNA SNHG1通过吸附miR-199a-3p促进肾透明细胞癌细胞迁移和侵袭

目的探讨LncRNA SNHG1对肾透明细胞癌细胞侵袭及转移能力的影响,并探索潜在机制。方法利用划痕实验和Transwell实验检测SNHG1对肾透明细胞癌细胞迁移和侵袭能力的影响,利用双荧光素酶报告基因实验检测SNHG1是否可结合miR-199a-3p,利用实时荧光定量PCR检测SNHG1与miR-199a-3p表达的关系。结果抑制SNHG1的表达后,细胞迁移和侵袭能力均升高(P<0.01)。双荧光素酶报告基因实验结果显示SNHG1能够吸附miR-199a-3p(P<0.01)。实时荧光定量PCR实验结果显示抑制SNHG1的表达可促进miR-199a-3p的表达(P<0.01)。结论 SNHG1可通过吸附miR-199a-3p促进肾透明细胞癌细胞迁移和侵袭。     

霍乱弧菌环介导等温扩增LAMP技术检测

目的 应用环介导等温扩增技术(LAMP)进行霍乱弧菌的快速检测。方法 针对霍乱弧菌的管家基因(mdh)设计4条特异性引物(2条内引物和2条外引物),建立快速检测食品中霍乱弧菌的环介导等温扩增方法;应用该方法对17种细菌共42株菌进行LAMP扩增,并进行确证,全面评估该方法的灵敏度、特异性、准确性等。结果 该方法检测21株霍乱弧菌均得到阳性扩增结果,其余21株非霍乱弧菌均未扩增出条带,扩增反应最佳反应时间为60min,反应温度为65℃。霍乱弧菌基因组DNA和纯培养物的检测灵敏度分别约为40 fg和50 cfu/mL。对模拟食品样品进行直接检测,检测限为70 cfu/g。结论 该方法具有特异性强、灵敏度高,操作简便快速、不需要复杂仪器设备,适用于食品的快速检测     

气态甲醛所致大鼠肺部VR1-mRNA 表达的初步研究

目的 从分子水平研究中等浓度气态甲醛环境暴露对呼吸系统中类香草素受体（vanilloid receptor subtype1,VR1）基因表达的影响。方法用WH-2型环境气候舱释放的甲醛和净空气,分别通入2只各放有5只幼年大鼠的染毒缸中连续灌流72h后,迅速取肺,用RT—PCR方法检测大鼠在中等浓度甲醛环境暴露下肺VR1和管家基因G3PD表达水平。结果中等浓度甲醛3．0mg／m^3灌流比清洁空气灌流导致幼年大鼠肺VR1-mRNA表达增加。结论中等浓度甲醛灌流导致幼年大鼠肺部VR1-mRNA表达量增加。