微量核酸样品的双重限制性荧光标记技术

目的采用双重限制性荧光标记技术(doub le restriction fluorescent labeling,DRFL)标记微量核酸样品,提高基因芯片用于病原体检测的灵敏度。方法以限制性显示技术处理SARS-CoV核酸样品,分别采用传统限制性荧光标记技术(直接采用荧光标记的通用引物标记)和双重限制性荧光标记技术(荧光标记的通用引物和荧光标记的dNTP的双重荧光标记)标记,进一步在同等条件下与基因芯片进行杂交、清洗和芯片扫描检测。通过对杂交结果的分析,比较2种标记方法的标记效果。结果以DRFL方法标记SARS基因片段,其荧光强度均值比传统荧光标记方法提高了3.5835倍。结论DRFL技术有效地提高单位分子标记片段的荧光强度值,提高了检测的灵敏度,可用于微量病原体核酸样品的基因芯片检测。     

Evaluation of PCR pncA-restriction fragment length polymorphism and PCR amplification of genomic regions of difference for the identification of M. bovis strains in lymph nodes cultures

BackgroundA rapid accurate identification of Mycobacterium bovis is essential for surveillance purposes.ObjectivesA PCR pncA-Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP) and a multiplex PCR based on the detection of 3 regions of difference (RD-PCR): RD9, RD4 and RD1 were evaluated for the identification of M. bovis in lymph nodes cultures, in Tunisia, during 2013–2015.MethodsEighty-two M. tuberculosis complex strains were identified using the biochemical tests, GenoType MTBC assay, PCR pncA-RFLP and RD-PCR.ResultsThe PCR pncA-RFLP showed that 54 M. bovis strains, identified by GenoType MTBC, had a mutation at position 169 of pncA gene. Twenty-eight strains did not show any mutation at this position 27 M. tuberculosis isolates and one M. caprae. The PCR pncA-RFLP had a sensitivity of 100.0% (95%CI: 93.3 -100.0) and a specificity of 100.0% (95%CI: 87.9–100.0) for identifying M. bovis. The RD-PCR showed that all M. bovis strains had the RD9 and RD4 deleted but presented RD1. RD-PCR also presented high sensitivity and specificity in detecting M. bovis strains (100.0%).ConclusionsPCR pncA-RFLP and RD-PCR represent very accurate and rapid tools to identify M. bovis. They can be easily implemented in each laboratory due to their low cost and easy use.     

用RD-PCR技术获取IL-1β作用前后NIT-1细胞的差异表达基因

目的：获取IL-1β作用前后NIT-1细胞的差异表达基因，为进行差异基因的克隆和鉴定奠定基础。方法：利用转基因小鼠胰岛β细胞系(NIT-1)，通过应用一种改良的筛选差异基因的技术(Restriction diSplay PCR，RD-PCR技术)筛选cDNA的差异表达条带。结果：通过对比对照组与实验组凝胶电泳结果，找出79条表达有差异的奈带，包括实验组出现的新条带和实验组缺失的条带。结论：应用RD-PCR技术成功分离了IL-1β作用前后NIT-1细胞的差异表达条带，为大量筛选、克隆与鉴定与B细胞破坏机制相关的新基因奠定基础．有助于了解胰岛素依粕型耱尿病(IDDM）发病的分子机制。     

微量核酸样品的双重限制性荧光标记技术

目的 采用双重限制性荧光标记技术(double restriction fluorescent labeling,DRFL),标记微量核酸样品,探索提高基因芯片用于病原体检测的灵敏度.方法 以限制性显示技术处理SARS-CoV核酸样品,分别采用传统限制性荧光标记技术(直接采用荧光标记的通用引物标记)和双重限制性荧光标记技术(荧光标记的通用引物和荧光标记的dNTP的双重荧光标记)进行处理,并进一步与基因芯片进行杂交,在同等条件下进行杂交、清洗和进行基因芯片的扫描检测.通过对杂交结果的分析,比较两种标记方法的标记效果.结果 以DRFL方法标记SARS基因片段,其荧光强度均值提高了3.5835倍,但互相对应的每个探针之间的荧光信号提高程度存在差异.结论 DRFL技术能有效地提高单位分子标记片段的荧光强度值,并进一步提高了检测的灵敏度,可用于微量病原体核酸样品的基因芯片检测.     

SARS冠状病毒检测60 mer寡核苷酸基因芯片的设计及应用

目的设计并应用60 mer寡核苷酸基因芯片实现对SARS冠状病毒的检测.方法根据寡核苷酸基因芯片的设计原则设计出30条60 mer的寡核苷酸片段,覆盖SARS冠状病毒(以TOR2株为参考序列,GENEBANK索取号:AY274119)全基因组,点样制备成12×12的寡核苷酸基因芯片,将临床诊断SARS患者痰液标本抽提病毒RNA,采用限制性显示技术进行标记,将标记好的样品与芯片杂交,洗脱,扫描.初步探索寡核苷酸芯片诊断SARS冠状病毒的敏感性及特异性,并对芯片做进一步的优化.结果来自SARS患者样品与芯片上的多个SARS探针杂交,出现了明显的荧光信号;阴性和空白对照探针上没有杂交信号,而对照样品仅与一个SARS探针有杂交.结论采用60 mer寡核苷酸基因芯片可以从基因水平实现对SARS冠状病毒多段序列的平行检测,对于提高检出率有一定意义,此外,尚可用于监测在发病过程的各个阶段中病毒基因的活动状况.     

应用限制性差异显示技术制备实验用DNA标记物

目的 建立实验室用DNA标记物。方法 依据PCR引物设计软件Oligo5设计通用引物，对质粒DNA进行PCR。结果 通过PCR反应，电泳后可见清晰的DNA条带，将已确定长度的DNA片段再进行PCR反应，与商用DNA标记物进行比较显示，用此法制备的DNA标记物可以作为实验室进行凝胶电泳的DNA标记物。结论 采用限制性差异显示技术制备DNA标记物，不仅操作简便、快捷、提高工作效率，且大大降低费用，更适合实验室实际需要。