Nosocomial Legionella pneumophila serogroup 5 outbreak associated with persistent colonization of a hospital water system

An outbreak of infections caused by Legionella pneumophila serogroup 5 was detected in a university hospital, and nosocomial reservoirs of the legionella epidemic were examined. Clinical isolates from two patients who had been affected by the L. pneumophila serogroup 5 outbreak, and from another patient with a legionella infection caused by the same serogroup 3 years later, were compared to L. pneumophila serogroup 5 isolates from the hospital water supply by two molecular methods, amplified fragment length polymorphism (AFLP) analysis and random amplified polymorphic DNA analysis (RAPD). Genotyping confirmed the epidemiological linkage of the first two patients, and linked their infections with the hospital water supply. The third clinical strain, which was also linked to the hospital water, was very similar to the epidemic strain. Even though the water distribution system was sanitized (superheat and flush sanitation), the epidemic strain was shown to be persisting in the hospital water outlets several years after its initial discovery.     

A fluorescent amplified fragment length polymorphism study of Salmonella enterica serovar Sofia, the major Salmonella serovar isolated from chickens in Australia

Fluorescent amplified fragment length polymorphism (FAFLP) analysis was performed on 68 isolates of Salmonella enterica subsp. salamae serovar Sofia (S. Sofia). Fifty eight isolates were obtained over a period of approximately 15 years from a range of human, chicken industry and environmental sources throughout Australia. A further ten isolates were identified from human and poultry sources in Israel from 1972 to 1987. Analysis of FAFLP profiles for fragments between 50 to 500 base pairs in length indicated distinct clusters of isolates. All but seven isolates clustered into four groups of >90% similarity and all isolates displayed at least 70% similarity with each other. No cluster could be attributed to a particular geographical, temporal or source-of-isolation origin. It is concluded that S. Sofia is genetically variable with certain clones persisting over time but no group appears unique to Australia.     

贵州野生天麻遗传多样性的AFLP指纹分析

目的 研究野生天麻的遗传多样性,为合理利用野生天麻种质资源、为天麻的进一步系统选育研究提供一定的理论依据.方法 利用AFLP技术,采用8对M+3和P+3引物组合对23份贵州野生天麻品种进行了总基因组DNA水平上的多态性检测,用NTSYSpc-2.10s 软件的UPGMA 方法 对检测结果 进行聚类.结果 共获得552条可统计的条带,其中396条呈多态性,多态性带百分率约72%.UPGMA聚类可以将贵州不同产地的野生天麻很好地区分开来.结论 该实验揭示了贵州野生天麻种质丰富的遗传多样性,聚类分析结果 表明多数来源地相同的天麻种质表现出较为密切的亲缘关系.     

AFLP分子标记技术及其在药用植物研究中的应用

扩增片段长度多态性(Amplified Fragment Length Polymorphism,AFLP)是一种在PCR技术和RFLP标记技术基础上发明的新的分子标记技术。本文简述了AFLP分子标记技术的原理和特点,综述了其在药用植物遗传连锁图谱的构建、遗传多样性研究、种质资源鉴定等方面的应用情况,并对其发展前景进行了展望。     

何首乌扩增长度多态性反应及银染体系的建立

目的 通过对各主要影响因素的研究,建立适于何首乌扩增长度多态性（AFLP）反应体系及银染体系. 方法 采用改进的CTAB提取方法从何首乌的嫩叶中提取获得总DNA;从酶切DNA的量、时间等考察酶切体系,并设计正交实验进行预扩体系和选扩体系的优化. 结果 酶切体系DNA的适用量为400 ng,37 ℃酶切5 h;用较优的预扩增体系和选择性扩增得到的选择性扩增产物在6%变性聚丙烯酰胺凝胶上电泳,得到清晰的指纹图谱. 结论 所建立的反应体系可有效地应用于何首乌的分类鉴定和道地性鉴定.     

半夏栽培品遗传差异的AFLP分析

目的构建不同地区来源半夏栽培品的DNA指纹图谱,探讨利用AFLP分子标记在半夏遗传多样性、亲缘关系及种质鉴别上的可行性。方法运用扩增片段长度多态性技术(AFLP),对我国17个地区的51份半夏栽培品和4份掌叶半夏样品(外群)进行基因组DNA多态性分析。结果从64对引物组合中筛选出8对多态性丰富、鉴别效率高的AFLP引物组合,构建了51份半夏栽培品的AFLP指纹图谱。聚类分析结果表明:所有半夏栽培品完全被区分开,来源地相同的种质表现出相对密切的亲缘关系,浙江等华东地区的栽培半夏同其他地区半夏有着明显遗传差异,聚类分析结果获得了Bootstrap校验的支持。结论AFLP分子标记可用于半夏遗传多样性、亲缘关系及种质鉴别分析,浙江、江苏等华东地区栽培半夏的遗传特性相对独立。     

中国红花遗传多样性的AFLP分子标记

目的考察红花的种内变异，为进一步进行红花种质资源选育和筛选品质相关基因奠定基础。方法采用扩增片段长度多态性(AFLP)技术，研究中国红花28个不同栽培居群在DNA水平的多态性。采用UPGMA构建系统树图进行聚类分析和计算遗传距离。结果筛选得到的12对引物的扩增片段具有丰富的多态性。各居群间的遗传相似系数在0.48～0.96。聚类分析显示它们分为3大主要类群和一个中间类群。结论红花种内存在一定的遗传多样性。基于AFLP条带统计的聚类结果和表型特征并不完全一致,可能是基因型和环境共同作用于表型的结果。     

辽宁地区伤寒沙门菌的扩增片段长度多态性分析

目的：分析辽宁省不同城市和大连地区2000～2004年伤寒沙门菌的同源性以及在遗传学上的关系。方法：实验采用EcoRI／MseⅠ型限制性内切酶、选择7种引物组合对25株不同地区和不同时间的伤寒沙门菌菌株进行AFLP分型。结果：25株伤寒沙门菌分为16个基因类型，不同来源的菌株呈现多态性分布；大连地区不同年份的15株菌存在多达14个多态型性；而其他3个城市共10株菌仅存在2个多态性，且遗传距离非常相近。结论：AFLP可以通过对内切酶组合的选择和特异性引物上选择性碱基组合的设计优化实验条件；AFLP是伤寒沙门菌的分子流行病学研究中一种十分有效的手段。     

半夏不同种质资源AFLP指纹系谱分析及其应用

目的:获得更多半夏DNA指纹信息,验证AFLP与其他方法是否一致,为半夏及其他中药材道地性研究、种质资源鉴定、亲缘关系研究、品种选育和引种栽培提供分子水平生物学依据。方法:选择全国10个主要产地的野生或栽培半夏为材料,采用扩增酶切片段多态性AFLP方法研究,用NTSYSpc 2.1软件包利用UPGMA法进行聚类分析,构建遗传系统树。结果:筛选12对引物,共扩增出1 673条带。进行聚类分析,结果与利用总生物碱含量差异结果相吻合。结论:本研究所获得的特征带和缺失带体现了AFLP的高特异分辨率在中药半夏品种鉴定上的潜力,绘制的系统进化树不同种源之间遗传关系的远近与其总生物碱含量差异趋势一致。