奥氮平连续处理后大鼠中缝背核组织差异表达蛋白的生物信息学分析

目的 分析奥氮平连续处理的大鼠中缝背核蛋白的差异表达,探究奥氮平使用早期导致代谢障碍可能的中枢5-HT机制。方法 将40只SD大鼠随机分配到奥氮平组[灌胃奥氮平1.2 mg/(kg·d）]和对照组（灌胃等量0.9%氯化钠溶液）,两组各分配10只雌性大鼠、10只雄性大鼠。给药1次/d,连续28 d。最后一次给药1 h后处理大鼠,并取大脑中缝背核样本。利用绝对和相对定量同位素标记技术联合液相色谱-串联质谱技术对大鼠中缝背核组织进行蛋白质组学分析,进一步对差异表达蛋白进行GO、KEGG通路、COG、蛋白互作网络分析。另将24只大鼠随机分为4组：2个奥氮平组和2个对照组（6只/组）,类似方法得到大鼠中缝背核样本,根据蛋白质组学数据选择目标基因的表达进行qRT-PCR和Western blot验证。结果 筛选出奥氮平组与对照组大鼠中缝背核差异表达蛋白有72种上调、142种下调。GO注释分析显示,涉及奥氮平的差异表达蛋白参与细胞过程、生物调节、代谢过程、应激反应、多细胞生物过程以及结合、催化活性、分子功能调节、转录调节活性等分子功能。KEGG富集分析显示,涉及奥氮平的差异表达蛋白主要参与流体剪切应...     

同位素标记相对和绝对定量技术在药物蛋白质组学研究中的应用

目的建立应用同位素标记相对和绝对定量(iTRAQ)技术进行药物蛋白质组学研究的技术平台。方法分别测定12例高血压患者在给予降压药氨氯地平治疗前和治疗后8周的收缩压和舒张压,并同时收集患者在降压药治疗前和治疗后8周的血清,应用蛋白质组学iTRAQ技术对治疗前后的血清蛋白质组进行定量分析。结果高血压患者口服降压药苯磺酸氨氯地平片8周后平均收缩压和舒张压均明显降低(P<0.01)。经iTRAQ和ProteinPilot软件分析,共鉴定出232个差异蛋白质,其中降压药物治疗后表达上调和下调超过1.5倍的蛋白质分别有12种和13种。上调的蛋白质主要参与应激、防御和免疫反应,而下调的蛋白质主要参与应激、防御、炎症和凝血反应。本研究结果提示,降压药氨氯地平治疗可以双向调节机体的应激和防御反应,可以增强机体的免疫力,抑制炎症反应和改善高血凝状态,从而有利于血压的降低。结论应用iTRAQ技术进行药物蛋白质组学研究可筛选获得多种与药物疗效相关的差异蛋白质,为药物作用靶点和分子机制等方面的研究提供了一个良好的技术平台。     

寻常型银屑病（湿热证）的血清蛋白组学表达研究

【目的】应用同位素相对标记与绝对定量技术（iTRAQ技术）对寻常型银屑病（湿热证）患者的血清蛋白进行定量分析,探求其与正常人的差异性表达蛋白质,从蛋白组学角度揭示湿热证的部分内涵。【方法】取寻常型银屑病（湿热证）患者（15例）及正常人（10例）血清,予纯化、去丰度等处理后,十二烷基硫酸钠－聚丙烯酰胺凝胶（SDS-PAGE）电泳分离,经iTRAQ特异性标记酶解后的肽段,采用串联质谱分析鉴定其差异蛋白。【结果】共鉴定出787个蛋白质组,具有生物信息学分析（gene ontology , GO）功能注释的蛋白质共有718个;与正常人比较发现了651个显著性差异蛋白（P<0.05）,其中有强显著性差异的蛋白418个（P<0.01）。【结论】寻常型银屑病（湿热证）患者血清中存在与正常人有差异性表达蛋白,但哪种蛋白在辨别寻常型银屑病“湿热证”中处于关键地位,以及湿热症状与蛋白之间的关系等,还有待进一步研究。     

iTRAQ串联质谱筛选尾吊小鼠感染空间诱变大肠杆菌后脾脏差异表达蛋白

目的应用同重同位素标记相对与绝对定量技术(iTRAQ),联合液相色谱串联质谱(LC-MS/MS),检测经空间诱变大肠杆菌(T1-13)感染尾吊模拟失重小鼠后,其脾脏组织中的差异蛋白,并探讨其生物学意义。方法 C57BL/6小鼠尾吊模拟失重后以空间诱变大肠杆菌灌胃建立感染模型,采用iTRAQ结合LC-MS/MS技术筛选脾脏组织差异表达蛋白,并对差异蛋白进行GO、pathway富集分析和STRING蛋白互作分析。结果共鉴定出2589个蛋白,尾吊组与对照组相比筛选出378个差异表达蛋白。尾吊染菌后与对照组相比,共筛选出452个差异表达蛋白,STRING蛋白互作网络中有286个差异蛋白间存在相互作用,这些差异蛋白经KEGG分析共得到32条存在显著性的通路,主要为氧化磷酸化通路,代谢通路、蛋白消化和吸收通路、蛋白酶体通路。结论成功筛选出了模拟失重后空间诱变大肠杆菌感染脾脏组织差异表达蛋白,这些差异蛋白可能通过调控代谢通路、不同环境下微生物代谢、颉氨酸/亮氨酸/异亮氨酸降解、溶酶体、碳代谢、吞噬体、丙酸代谢、蛋白酶体参与失重条件下免疫和炎症反应的发生。     

空间环境诱导屎肠球菌突变株LCT-EF18的蛋白组学分析

目的 对搭载神舟八号飞船的屎肠球菌进行突变株筛选,并鉴定和分析差异表达的蛋白质。方法 利用Biolog 生化反应板从搭载神舟八号飞船飞行后屎肠球菌中筛选突变株,提取突变株蛋白质并进行SDS-PAGE 电泳检测,用BCA 法测定总蛋白浓度后,采用同重同位素相对与绝对定量（isobaric tags for relative and absolute quantitation,iTRAQ） 方法分析空间环境诱变屎肠球菌突变株和地面对照株之间的差异表达蛋白,并进行统计、分析和注释。结果 通过Biolog 表型筛选获得空间环境诱导屎肠球菌突变株LCT-EF20,该菌株能利用肌酐和L- 苹果酸,而不能利用对羟基苯乙酸。差异蛋白组学分析发现了124 个蛋白质表达的改变,其中50 个蛋白表达上调,74 个蛋白表达下调。结论 太空环境可改变屎肠球菌的生物学特性,并影响大量蛋白质的表达,差异表达蛋白主要分布在代谢相关过程。     

Quantitative toxicoproteomic analysis of zebrafish embryos exposed to a retinoid X receptor antagonist UVI3003

Retinoid X receptor (RXR) antagonists, including some environmental endocrine disruptors, have a teratogenic effect on vertebrate embryos. To investigate the toxicological mechanism on the protein expression level, a quantitative proteomic study was conducted to analyze the proteome alterations of zebrafish (Danio rerio) embryos exposed to gradient concentrations of a representative RXR antagonist UVI3003. Using isobaric Tags for Relative and Absolute Quantitation (iTRAQ) labeling coupled nano high‐performance liquid chromatography‐tandem mass spectrometry (nano HPLC‐MS/MS), in total 6592 proteins were identified, among which 195 proteins were found to be differentially expressed by more than a two‐fold change in exposed groups compared with the control. Gene ontology analysis showed that these differential proteins were mostly involved in anatomical structure development, biosynthetic process, ion binding and oxidoreductase activity. Moreover, the biological pathways of translation, lipoprotein metabolism, cell survival and gluconeogenesis were intensively inhibited after exposure. Some significantly downregulated proteins such as apolipoprotein A‐I and vitellogenin and upregulated proteins such as calcium activated nucleotidase 1b, glutathione S‐transferase and glucose 6‐dehydrogenases showed a strong dose‐dependent response. The results provided new insight into the molecular details of RXR antagonist‐induced teratogenicity and added novel information of pathways and potential biomarkers for evaluation of RXR interfering activity. Copyright © 2015 John Wiley & Sons, Ltd.     

大鼠下颌骨牵张成骨的蛋白质组学分析

目的:探讨用蛋白质组学iTRAQ技术分析大鼠下颌骨牵张成骨过程中新生组织蛋白表达的改变。方法:6只大鼠进行单侧下颌骨牵张,速率:0.4mm/d,牵张期为10d,术后随机分为2组,分别于下颌骨牵张成骨牵张期第10d及下颌骨牵张成骨固定期第14d取材。将取材的新生骨组织标本进行蛋白质提取及蛋白质定量检测。应用iTRAQ技术对蛋白质样本进行检测,寻找及鉴定差异蛋白。结果:应用iTRAQ技术对大鼠下颌骨牵张成骨的新生骨组织成功进行了蛋白质组学分析,质谱鉴定出置信度95%的蛋白质共567种,共鉴定出差异蛋白207个,其中上调≥1.5倍的47个,下降≤0.8倍的58个。结论:筛选出多种与牵张成骨过程中新骨形成相关的差异表达蛋白质,为进一步验证与新骨形成相关的蛋白质奠定基础。