双重实时荧光PCR快速鉴别人参和西洋参＊

目的 建立一种能够快速鉴定人参和西洋参的双重实时荧光PCR方法。方法 通过对人参属及其近似种基因序列的分析比对，设计特异性的引物探针，建立双重实时荧光PCR检测方法。PCR反应体系为Premix Ex Taq （Probe qPCR） 10 μL，人参上下游引物各0.5 μL，西洋参上下游引物各0.3 μL，人参与西洋参特异性探针各0.4 μL，DNA模板2 μL，灭菌去离子水补至20 μL。反应条件为95℃预变性30 s；然后以95℃变性5 s，60℃退火延伸30 s进行40个循环。应用该方法测试了27份DNA样品，包括7份人参、6份西洋参、4份人参与西洋参混合样、10份其他人参属样品及其他常见中药材样品的DNA，以确定该方法的特异性。将人参与西洋参样品DNA混合后10倍稀释成不同浓度后进行检测，用以确定该方法的灵敏度。结果 人参及西洋参样品均在特定的荧光通道下出现典型的阳性扩增曲线，人参与西洋参混合样品均同时出现两条阳性扩增曲线，其它对照样品及空白对照均没有出现阳性扩增曲线。灵敏度检测结果显示该方法检测人参及西洋参的最低检测限均为2 pg DNA/反应。结论 本实验建立的双重实时荧光PCR方法能够同时快速、准确、灵敏地鉴别出人参和西洋参。     

PCR技术鉴定南水北调中线水源地淡水虾囊蚴并行系统进化分析

目的:基于PCR结合测序分析建立一种准确判断淡水虾类感染吸虫囊蚴的分子鉴定方法,并对其系统进化进行分析,追溯其起源。方法:采用肌肉压片直接挑取法取出囊蚴,试剂盒提取基因组DNA。用吸虫通用引物对所提DNA进行PCR扩增,琼脂糖凝胶电泳鉴定。PCR阳性样本采用各类吸虫特异性引物分别进行扩增,PCR产物电泳鉴定,阳性样本送公司进行双向测序。使用DNAstar软件拼接序列,离线软件MEGA5比对测序结果并建立系统进化树并分析其起源。结果:制作虾肌肉压片20张共挑取囊蚴32个,获取了囊蚴基因组DNA。三对通用引物均扩出480 bp左右的单一条带。吸虫特异性引物扩增时,仅有针对于吸虫异形科的ITS2和28S rRNA序列分别扩增出了约480 bp和1 300 bp的特异性条带。软件分别拼接出了419 bp和770 bp的截断序列。系统进化树分析显示,虾类所感染吸虫囊蚴有两种,分别与Neochoanostoma spp和Dimerosaccus oncorhynchi高度同源。结论:应用PCR结合测序分析在十堰地区首次建立了淡水虾类囊蚴的分子鉴定方法,为我国吸虫系统分类和南水北调中线水源地食源性吸虫病的研究奠定了基础。     

微滴式数字PCR和实时荧光定量PCR对新型冠状病毒肺炎患者不同时间血便尿中核酸检测结果初步探讨

目的 分析微滴式数字PCR(droplet digital PCR, ddPCR)和实时荧光定量PCR(quantitative real-time PCR,qPCR)的核酸检测结果,比较两种方法检测各类样本的差异性,为改进新型冠状病毒核酸检测方案提供数据支持。 方法 利用ddPCR和qPCR技术对已经确诊的3例新型冠状病毒肺炎患者发病不同时间的全血、尿液、粪便共22份标本进行新型冠状病毒核酸检测。 结果 两种方法对人保守区域基因扩增结果一致:全血标本信号最强,尿液次之,粪便最少;ddPCR在1份全血,1份尿液,5份粪便中检出ORF-1ab和N基因的阳性微滴,qPCR仅在3份粪便中检出上述基因,漏检的3个标本基因拷贝数平均浓度为128 copies/ml;ddPCR在发病<5、5~15、>15 d的各类标本中都有检出,qPCR检出以中晚期为主;重症病例用ddPCR均可测到阳性微滴,qPCR检测的各类标本均为阴性;轻症病例的各类标本中qPCR只有粪便核酸检测阳性,ddPCR检出率高于qPCR。 结论 ddPCR可以有效克服qPCR 灵敏度不足的难题,是对qPCR 的有益补充,尤其是针对病毒载量比较低的血液、尿液和可疑的粪便或肛拭子标本,适用于早期感染的判断及患者治愈后出院诊断。     

PCR仪与测序仪应用于丙型肝炎病毒基因型检测的临床效果观察

目的:观察PCR仪与测序仪在丙型肝炎病毒(HCV)基因型检测中的应用。方法:选择2018年1月~2018年12月收治的134例HCV感染患者为研究对象,给予患者PCR仪检测、测序仪检测。结果:测序仪检测134例均可分型,PCR仪检测130例患者可分型,4例未能分型。PCR检测结果:134例HCV感染患者中,1b型59例,2a型47例,3a型6例,3b型15例,6a型3例,4例为分出型别。基因测序结果:134例均可分型:1型59例,2a型40例,2i型7例,3a型6例,3b型15例,6a型3例,6n型4例。PCR仪检测法检测符合率97.0%。结论:PCR仪测序仪检测用于丙型肝炎病毒基因型检测,操作便捷,但其只能检测探针覆盖的型别,个别罕见型别不能分型。     

丽水市十三项呼吸道病原体感染情况及特点分析北大核心CSCD

目的了解丽水市呼吸道病原体感染情况及流行病学特征,为呼吸道传染病诊疗与防控提供科学依据。方法回顾性分析2020年3月至2021年12月丽水市人民医院收治的4035例呼吸道感染患者13项呼吸道病原体PCR毛细电泳核酸检测结果,并分析病原体感染分布特征。结果呼吸道病原体感染患者阳性检出率为32.24%(1301/4035),检出率前5位分别是HRV(16.60%)、HRSV(7.09%)、HPIV(2.87%)、HMPV(2.21%)、HADV(1.96%)。混合感染阳性占比为7.61%(99/1301),Boca病毒(76.0%)与Ch(46.15%)易与其它病原体形成混合感染。不同性别呼吸道病原体感染率差异无统计学意义(P>0.05)。虽然不同季节呼吸道病原体整体感染率差异无统计学意义(P>0.05),但HRV好发于春秋两季,而HPIV在春秋两季感染率较低,春季HRSV感染率较低,HADV在夏秋两季感染率较低,HMPV在冬季较为流行。未成年人呼吸道病原体感染率较高,HRSV、HRV、HPIV、HADV和Boca主要发生于未成年人组,InfB和HMPV在未成年和青年人群感染率都较高。结论未成年人群是呼吸道病原体易感人群,应加强未成年人呼吸道传染病防控。     

荧光定最PCR法检测母乳巨细胞病毒感染的研究

目的了解母乳人巨细胞病毒(HCMV)感染状况.方法应用荧光定量PCR(FQ-PCR)法检测390份母乳中HCMV-DNA含量,其中236份母乳配对与患儿血液中HCMV-DNA含量作一定分析.结果可疑或确诊HCMV感染患儿母亲母乳HCMV-DNA阳性率达71.28%,HCMV-DNA阳性母乳喂养的婴儿,其血或尿HCMV-DNA阳性率明显高于HCMV-DNA阴性母乳喂养的婴儿.结论HCMV感染母乳是婴儿获得性感染的主要途径.     

胃癌CHFR基因异常甲基化对微管抑制剂临床疗效的重要影响

背景：该研究了胃癌中有丝分裂前期检查点（CHFR）的基因甲基化水平及其与微管抑制剂（MI）疗效的相关性。方法：选取46份胃癌切除术标本，检测其中9份标本的细胞系，启动子甲基化采用甲基化特异性聚合酶链反应（MSP）检测，CHFR mRNA的表达水平通过定量逆转录PCR检测，MI介导的生长抑制反应通过标准的MTT方法检测。结果：在9份胃癌细胞系中，有3份细胞系的CHFR表达被异常的启动子甲基化所抑制，CHFR mRNA的表达水平与MI处理细胞（R=M10．889；P=0．005）的IC，o密切相关。在46例胃癌术后患中，有24例（52％）出现CHFR异常甲基化，其中12例因晚期肿瘤或术后复发而接受MI治疗。MI治疗有效包括29％的CHFR甲基化和20％的CHFR非甲基化患。然而，在7例CHFR甲基化患中，有6例（86％）出现肿瘤消退或不再进展的迹象。反之，在5例CHFR非甲基化患中有4例（80％）出现病情恶化。     

人精子体外氧化损伤对线粒体tRNA~(LeuUUR)基因的影响

目的:探讨活性氧(ROS)对人类精子线粒体tRNALeuUUR基因的氧化损伤。方法:采用Percoll梯度离心法筛选具有正常生理功能的精子,作为正常精子模型,并分为损伤组20例和对照组20例,分别加入次黄嘌呤-黄嘌呤氧化酶体系或不予处理,37℃有氧环境中孵育60min。分别提取精子DNA,以Fpg酶切损伤碱基并采用接头介导PCR(LM-PCR)检测线粒体tRNALeuUUR基因的氧化损伤。采用Rhodamine(Rh123)荧光探针标记精子,通过流式细胞仪检测线粒体膜电位,观察精子的功能。结果:与对照组相比,损伤组精子孵育后线粒体膜电位明显降低[(116.27±11.72)%vs(64.00±4.88)%,P<0.05]。Fpg酶切和LM-PCR显示精子线粒体tRNALeuUUR基因损伤。结论:ROS可能通过对精子线粒体tRNALeuUUR基因氧化损伤而影响精子功能(线粒体膜电位明显降低),从而引起不育。