利用数据库资料分析DNA甲基化调控AC004540.4表达水平与肝细胞癌预后相关性

目的通过挖掘癌症基因组图谱数据库(TCGA),探讨在肝细胞癌(HCC)中DNA甲基化与AC004540.4表达及与预后的关系。方法从TCGA数据库获取374例HCC组织和50例癌旁组织的基因表达谱数据,380例HCC组织和50例癌旁组织的甲基化数据。edgeR包筛选差异表达基因,limma包筛选差异甲基化基因,Spearman秩次相关判断两者的相关性。在基因表达综合数据库(GEO)中,GSE101728表达谱芯片、GSE54503甲基化芯片作为外部验证数据集。HCC预后影响因素分析采用Cox回归模型。使用R软件计算AC004540.4与全基因组mRNA的相关系数,对共表达的mRNA进行功能富集分析。结果在TCGA数据库中,HCC和癌旁组织的AC004540.4表达水平中位数(四分位间距)分别为2.322(2.700)和6.129(1.858),差异有统计学意义,Z=-9.287,P<0.001。同时,在HCC和癌旁组织中,AC004540.4启动子甲基化水平中位数(四分位间距)分别为0.412(0.405)和0.195(0.165),差异有统计学意义,Z=-5.651,P<0.001。在GEO数据库中,HCC和癌旁组织的AC004540.4表达水平中位数(四分位间距)分别为3.313(2.410)和10.063(0.818),差异有统计学意义,Z=-3.003,P=0.003。同时,HCC和癌旁组织的AC004540.4启动子甲基化水平中位数(四分位间距)分别为0.346(0.358)和0.113(0.044),差异有统计学意义,Z=-6.549,P<0.001。甲基化位点(cg12492504、cg13268603、cg14592933、cg24755163、cg17035412和cg26526379)的甲基化水平与AC004540.4表达呈中度负相关,rs分别为-0.465、-0.492、-0.447、-0.539、-0.451和-0.456,均P<0.001。Cox多因素分析结果发现,AC004540.4低表达是HCC患者预后的独立危险因素,HR=1.720,95%CI为1.116~2.652,P=0.014。富集分析提示,与AC004540.4共表达基因集主要富集于Wnt蛋白结合、向上调节端粒酶活性等生物学功能,以及调控细胞周期、胆汁分泌等信号通路。结论AC004540.4表达受其甲基化调控,启动子区域高甲基化可能导致转录沉默,并且与HCC患者预后相关,可成为HCC患者诊断和预后判断标志物。     

基于网络药理学和生物信息学探讨小柴胡汤治疗肝细胞癌的作用机制

目的 采用TCGA数据挖掘和网络药理学方法分析小柴胡汤治疗肝细胞癌(HCC)的药效物质基础及药理机制.方法 通过TCGA数据库挖掘HCC差异表达基因、通过TCMID、TCMSP数据库和文献检索得到小柴胡汤的活性成分及其作用靶点;绘制韦恩图获得小柴胡汤-HCC共有靶点.通过Cytoscape软件构建疾病-药物-有效成分-...     

基于TCGA数据库挖掘甲状腺乳头状癌淋巴结转移相关的突变基因及其机制探讨

目的:挖掘并筛选与甲状腺乳头状癌(papillary thyroid carcinoma, PTC)淋巴结转移相关的突变基因及其潜在的机制。方法:从TCGA数据库获得377例PTC患者的测序数据及完整的临床资料,并分为淋巴结转移组（LM,n=212）与无淋巴结转移组（NLM,n=165）。利用R语言（v3.6.2）对转移组特有的突变基因进行富集分析。采用String在线软件绘制蛋白互作网络,Cytoscape软件筛选网络中的核心基因。在UALCAN网站上验证基因表达量与淋巴结转移之间的关系。利用荧光实时定量PCR测定候选基因在细胞系中mRNA的表达量。结果：一共筛选出1 197个仅在LM组发生突变的基因,它们主要富集在黏着连接、细胞黏附分子（cell adhesion molecules,CAMs）通路。CAMs通路的核心基因ITGB1与VCAN的表达量与淋巴结转移相关。与正常甲状腺细胞系相比,VCAN基因在PTC细胞系TPC-1和B-CPAP中mRNA的表达量较高,尤其是B-CPAP细胞系。结论：CAMs通路可能是PTC淋巴结转移相关机制之一,其中VCAN基因可能是潜在的分子标志物。     

可变剪切事件在胰腺癌中的发生及其临床意义

目的探索胰腺癌(PAAD)中存在的差异RNA剪接模式,分析可变剪切(AS)事件与胰腺癌临床预后的关系。方法自癌症基因组图谱(TCGA)中下载RNA-seq数据、临床数据资料,提取剪接因子(SF)表达量;采用TCGA SpliceSeq工具下载提取AS事件数据,评估7种可变剪切类型在胰腺癌病例中的发生情况;采用Kaplan-Meier分析及Cox回归分析评估AS事件风险值和生存时间之间的相关性,并探索PAAD的独立危险因素;采用Cytoscape构建基于生存相关的AS事件与SF的调控关系网络。结果PAAD中与生存相关的AS事件以外显子跳跃(ES)类型多见,外显子互斥(ME)类型较少;各亚型AS事件对生存影响不同,低风险组的预后较好,且风险值可作为PAAD独立预后因素(P<0.01,AUC=0.765)。剪接网络提示PAAD患者中剪接因子的表达与AS事件之间具有相关性。结论AS事件风险值可作为PAAD的独立预后因子,且SF对AS事件的调控呈多样性,SF可能会作为PAAD治疗的潜在靶点。     

长链非编码RNAlinc00460在胃癌中的表达功能研究

目的 本研究的目的是探讨长链非编码RNAlinc00460在胃癌中的作用及其与胃癌患者临床病理特征和预后的关系。方法 通过癌症基因组图谱（TCGA）胃癌数据集系统评估linc00460的差异表达。然后,纳入88名接受胃癌手术的患者采用实时定量PCR验证TCGA结果。检测胃癌细胞株和正常人胃上皮细胞中linc00460的表达情况。采用基因集富集分析(gene set enrichment analysis,GSEA)方法预测linc00460的调控基因。将AGS细胞分别转染linc00460过表达质粒（pcDNA-linc00460）和阴性对照序列（pcDNA3.1）,分别采用Western Blot检测相关蛋白表达和CCK-8法检测两组细胞的增殖情况。结果 我们发现并证实linc00460在胃癌组织和细胞中显著高表达（P < 0.05）;高linc00460表达与患者M分期相关;linc00460表达与胃癌患者总生存期之间存在强烈的负相关（P < 0.05）;且Cox比例风险模型的单变量和多变量分析证实其为胃癌相关独立生存预测因子（P < 0.05）。linc00460高表达样本富集了linc00460高表达样本富集到P53类介质对DNA损伤反应信号转导的调控(P=0.002)、P53类介质对信号转导的正向调节作用(P<0.001)、细胞分裂的正向调节(P<0.001)、核分裂的正向调节(P=0.002)等基因集。AGS细胞过表达质粒pcDNA-linc00460转染组中linc00460表达水平显著高于pcDNA3.1组,差异有统计学意义（P<0.05）。Western Blot检测结果表明linc00460可下调P53蛋白表达,上调Bcl-2和Cyclin B1表达。CCK-8结果表明pcDNA- linc00460组AGS细胞增殖指数均显著高于pcDNA3.1组,差异有统计学意义（P<0.05）。结论 linc00460在胃癌组织中高表达,且其高表达的患者预后较差,linc00460可能通过上调P53信号通路促进胃癌细胞生长,linc00460可能参与了胃癌的恶性进展。     

基于TCGA数据初步探查肝内胆管癌预后相关基因

目的 分析tCGA数据库中肝内胆管癌（ICC）高通量测序数据,寻找其预后相关基因,构建风险模型,并研究其在ICC组织中表达及作用通路。方法 下载tCGA数据库中33例ICC组织和8例癌旁组织中的RNA-seq表达矩阵数据和患者临床资料信息,利用edgeR软件包进行基因差异表达分析,通过单因素Cox回归分析筛选出预后相关差异基因,对差异基因绘制生存曲线,筛选出具有临床意义的基因,经多因素Cox回归分析并构建风险模型,通过京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析了解预后相关基因的作用通路。结果 通过edgeR分析后得到6 617个差异基因（筛选标准为|log2 Fold Change|＞1,P＜0.05）,其中高表达组4 094个,低表达组2 523个。通过功能富集发现,这些基因主要集中在化学物致癌作用、药物代谢-细胞色素P450系统、细胞色素P450对异生物质的代谢影响以及视黄醇代谢通路。经单因素Cox回归、R软件“survival”包生存曲线分析显示,UCN2、CST1、PROS1、SLC35E4、PEMT五个基因对ICC患者预后存在显著性影响。通过多因素Cox回归分析,CST1、PEMT、PROS1构建的风险模型对ICC患者预后具有判断作用。结论 UCN2、CST1、PROS1、SLC35E4、PEMT基因可能成为ICC预后判断指标,为后续临床试验提供数据支持。     

癌症基因组学相关数据管理与应用探析

目的：梳理美国癌症基因组图谱计划（The Cancer Genome Atlas,TCGA）相关数据的收集、整理、组织、共享及应用情况,为建立及完善国家级大型的开放癌症基因组学相关数据资源提供参考。方法：系统调研TCGA计划的数据管理相关机构工作流程、数据共享利用等方面的解决方案和最佳实践。 结果：TCGA计划通过多中心合作,建立了组织样本采集、处理、质量控制、序列测定、特征分析、数据共享与研究应用等全链条的癌症基因组图谱数据管理流程,从所属癌症、数据类型、处理水平等角度对数据进行精细分类,并针对汇总数据和个体数据分别采取开放存取和受控访问两种共享机制,研究者们利用其共享数据开展了相关癌症特征基因的突变、扩增和缺失、以及受影响的信号通路等多方面研究。 结论：癌症基因组图谱计划的实践探索可为大规模癌症基因组学相关研究计划的实施提供数据管理方面的经验借鉴与参考。     

PCDH8基因甲基化在诊断甲状腺乳头状癌的价值

为探讨原钙粘蛋白8(PCDH8)基因甲基化与甲状腺乳头状癌(PTC)发病风险的关系,本文利用癌症基因组图谱(TCGA)数据库,筛选PTC中PCDH8基因差异甲基化位点,发现cg22763718、cg20366906、cg14950829、cg18002116的甲基化水平在甲状腺癌组织与癌旁组织之间存在显著差异,采用生存分析曲线分析发现PCDH8基因甲基化水平高的甲状腺癌患者生存时间短(P＜0.05)。另外,收集125例临床样本,经Sanger测序发现PTC组织PCDH8甲基化表达量为69.689%±20.992%,结节性甲状腺肿为69.004%±25.848%,甲状腺腺瘤为65.136%±33.248%,甲基化水平均高于癌旁正常组织(46.206%±31.105%)(P＜0.05)。结果表明,PCDH8基因甲基化可能与PTC发病风险有关。