2009年深圳地区肠道病毒71型毒株VP4基因进化分析

目的 对深圳地区手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)肠道病毒71型分离株(enterovirus 71,EV71)的VP4基因遗传进化进行分析.方法 2009年采集深圳市儿童医院就诊的HFMD患者的粪便标本491份,选取其中8份经细胞培养鉴定为阳性的EV71毒株用RT-PCR扩增VP4基因,利用MEGA4.0软件进行遗传进化分析.结果 2009年深圳地区8株EV71 VP4基因全长207 bp,编码69个氨基酸;8株EV71 VP4基因核苷酸同源性为94.2％ ～98.1％,与深圳2001至2004年分离的17株EV71毒株核苷酸同源性在89.9％ ～98.1％,与GenBank中其他EV71病毒株VP4的核苷酸同源性为79.2％～100％;其中与亚洲流行株阜阳株(EU703812)核苷酸的同源性最高(100％),其次是C4代表株及2004年深圳株(AY895144)为94.2％ ～97.1％.除了印度株和其中1株EV71的VP4编码的氨基酸在第54位(ACA)不同之外,其余7株EV71 VP4编码的氨基酸序列之间以及与GenBank报道的其他序列同源性达100％.8株EV71 VP4基因核苷酸与C4代表株相比有17处不同,除1处以外其余全在简并密码位点上;轻重症病例毒株之间VP4基因序列未见明显改变.进化树显示8株EV71均属于C4基因亚型.结论 2009年深圳市流行的EV71属于C4基因亚型,流行的EV71 VP4基因非常保守,不属于变异区段,绝大部分核苷酸的变异属无义突变,VP4基因编码的氨基酸变异几乎为0.     

重症急性呼吸道感染儿童中人博卡病毒的分型检测与基因进化分析

目的 了解重症急性呼吸道感染住院儿童中人博卡病毒（HBoV）的感染状况,流行病学特征及其进化特征.方法 采用巢式PCR的方法,对来自北京儿童医院重症急性呼吸道感染住院儿童的259份鼻咽抽吸物,进行人博卡病毒（HBoV）分型检测与测序,同时进行了合并感染检测、流行病学、临床特点及基因多态性分析.结果 共检出56份人博卡病毒感染阳性标本,阳性率为21.6％,[95％ CI（16.0％～27.3％）,P＜0.0001],其中2岁以下儿童感染率较高.与其他呼吸道常见病毒的合并感染率为94.6％.HBoV阳性产物测序分析发现,人博卡病毒1型占96.4％ （54/56）,2、3型各1份.HBoV阳性株分型区（VP1/VP2）序列变异不明显.结论 人博卡病毒是儿童急性呼吸道感染常见的病原体,以I型最为常见,分型区（VP1/VP2）序列较保守.HBoV在重症急性呼吸道感染儿童中是否起到真正的致病作用还需进一步的研究.     

山东省新分离乙脑病毒(SD08-10株)全基因组序列特征

目的 对山东省新分离乙脑病毒SD08-10株进行全基因组序列测定和分析,全面了解其基因组特征.方法 设计乙脑病毒全基因组序列扩增引物,RT-PCR扩增片段,PCR产物直接测序,拼接后获得全基因组序列.采用Clestal X(1.8)、DNAStar、GENEDOC(3.2)、Mega(4.0)等生物学软件进行核苷酸序列及氨基酸序列分析和病毒的系统进化分析.结果 新分离乙脑病毒SD08-10株基因组全长10 965个核苷酸,从97位到10 392位,共10 296个核苷酸编码一个开放阅读框,编码3432个氨基酸.与GenBank登录的所有59株乙脑病毒全基因组序列比较发现,其核苷酸总体差异率为0.7%～18.9%,氨基酸总体差异率为0.1%～5.2%.与目前使用的减毒活疫苗株SA-14-14-2株相比较,全基因组共存在1253个核苷酸差异,82个氨基酸差异.全基因组序列系统进化分析显示SD08-10属于基因Ⅰ型乙脑病毒.结论 新分离的乙脑病毒SD08-10株属于基因Ⅰ型,与2007年中国分离株SH17M-07进化关系最接近.     

四川省分离的基因1型乙型脑炎病毒分子特征分析

目的 从四川省巴中市采集的蚊虫标本中分离乙型脑炎(简称乙脑)病毒(JEV),确定其基因型别,并分析相关的基因1型乙脑病毒PrM和E基因区段氨基酸序列特征.方法 对2004年采集蚊虫标本进行病毒分离,对新分离的乙脑病毒进行生物学、血清学及分子生物学鉴定.逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)扩增新分离JEV的PrM、E区段核苷酸序列,测序后应用Clustal X软件做碱基配对分析,MEGA4软件完成病毒进化分析,GENEDOC(3.2)软件完成氨基酸位点分析,根据蜱传脑炎病毒可溶性蛋白晶体结构为模板进行乙脑病毒E蛋白三维结构模拟预测分析.结果 共采集4668只蚊虫标本,主要是骚扰阿蚊和库蚊,分离到6株病毒,经鉴定均属于基因1型的乙脑病毒.将四川省分离的6个毒株结合我国新分离的基因1型乙脑病毒与减毒活疫苗株SA14-14-2株的PrM区段和E区段氨基酸比较,发现PrM区段在PrM2、64和65位存在基因1型乙脑病毒独有的氨基酸位点差异,E区段存在14处共同的氨基酸位点差异,其中在E129、222、327和366位点为中国目前分离到的基因1型乙脑病毒所特有的位点特征.结论 从四川省巴中市首次分离到基因1型的乙脑病毒,并发现基因1型乙脑病毒与减毒活疫苗株之间PrM、E基因区段存在氨基酸差异,但现行疫苗株理论上可以保护新分离的基因1型乙脑病毒.     

拟钉螺及其传播的血吸虫的种系发生

拟钉螺可作为多种亚洲血吸虫和并殖吸虫的中间宿主,对其分子系统发育的研究正逐渐深入.亚洲血吸虫的起源归属问题仍末得到解决,中华血吸虫的研究有望为其提供参考.该文从形态学、种群遗传学、分子生物学和生物地理学等4个方面阐述了拟钉螺亚科系统发育的研究进展,分析了中华血吸虫及其相关的亚洲血吸虫的研究现状,并就今后研究方向作出了展望.     

2007年山西省部分地区虫媒病毒调查

目的 调查山西省部分地区的虫媒病毒,在当地采集蚊虫标本进行病毒的分离与鉴定.方法 2007年7月和8月在当地采集蚊虫标本,通过组织细胞培养进行病毒分离,利用分子生物学和生物信息学技术对病毒分离物进行鉴定与分析.结果 分离到10株病毒分离物,鉴定结果显示分离株SX0765、SX0766、SX0767、SX0771、SX0789、SX0790、SX0793、SX0794、SX0795、SX0796均为版纳病毒;此外,分离株SX0771和SX0794还同时存在辽宁病毒基因.进一步分析显示版纳病毒新分离株与此前在北京、云南和辽宁分离到的病毒株之间存在明显差异,同源性在89.7%～94.1%之间.结论 在山西省分离到10株版纳病毒和两株辽宁病毒,版纳病毒与我国其他地区分离株有明显差异,在进化上相对独立.     

白纹伊蚊和致倦库蚊Wolbachia 16S rRNA序列测定与分析

【目的】PCR法扩增与测定白纹伊蚊和致倦库蚊的细胞内共生菌 Wolbachia16SrRNA序列 ,分析其种系发生关系及传播方式。【方法】从单只雌蚊中提取DNA ,PCR法扩增 16SrRNA序列 ,扩增产物进行克隆及测序。【结果】从白纹伊蚊和致倦库蚊分别扩增出Wolbachia 16SrRNA序列 ,并克隆入 pGEM T载体 ,测序证明两序列长度分别为 897bp。【结论】成功克隆了白纹伊蚊和致倦库蚊Wolbachia 16SrRNA序列。测序和同源性分析表明 ,它们之间的同源性为 99 9%,提示Wolbachia在白纹伊蚊和致倦库蚊可能存在水平传播的方式。     

人类蠕虫线粒体基因组及其在种群遗传学和种系发生学中作为标记的应用

目前已报道了100多种寄生虫的全长线粒体基因组，本文主要总结了后生动物门的线粒体基因结构，并且回顾了人类线虫和扁虫线粒体基因组的研究状况，一些蠕虫的全长或近于全长的线粒体基因组的发现，为蠕虫的种系发生分析和遗传变异性研究提供了极为丰富的遗传标记。本文举例说明了线粒体基因组在蛔虫，盘尾丝虫，血吸虫，片形属吸虫，并殖吸虫，棘口吸虫，棘球绦虫和绦虫属的研究中的应用。     

山东烟台地区HCV感染的基因分型研究

目的 了解山东烟台地区丙型肝炎病毒的基因分型,结合受试者的肝功能指标观察基因型别与肝损情况是否相关.方法 采用特异性PCR引物对HCV RNA5'UTR区和(或)NS5B区进行扩增,PCR产物进行序列分析,通过与GenBank中参考序列的比对,联合遗传进化树对标本予以分型.结果 9例无偿献血员中检出1b和3a两种基因亚型,分别为8例和1例.33例丙肝患者中,检出1b、2a和6a三种基因亚型,分别为22(66.7％)、10(30.3％)和1(3.03％)例.1b亚型是烟台地区HCV携带者的优势流行基因亚型,在不同人群中分布差异无统计学意义(x2=0.796,P=0.373);不同基因分型的受试者其肝损指标的差异有统计学意义(P＜0.05),2a型携带者的ALT、AST均值明显高于1b型.结论 山东烟台地区HCV基因型呈现多样性,以1b为主,并首次检出3a和6a亚型.HCV基因型与肝损指标具有相关性,2a型HCV感染可能在肝细胞的病变过程中起着重要作用.