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目的:获得天仙藤全长转录组数据库,挖掘天仙藤功能基因。方法:采用PacBio SequeⅠ高通量测序系统,对天仙藤的茎、叶、果3个部位的混合样品进行全长转录组测序及分析。结果:共获得176354条环形一致性序列(CCS),获得184439个高质量isoforms,并注释了139826个isoforms,检测出3058个转录因子和135527个简单序列重复(SSR)位点,还预测到76862个长链非编码RNA(lncRNA)和36204个mRNAs。结论:获得了较可靠的天仙藤全长转录组数据,可为深入研究天仙藤基因组、生物学特性、相关代谢途径、信号通路及其分子机制提供数据支持。 相似文献
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目的:获得天冬Asparagus cochinchinensis(Lour.)Merr.全长转录组数据库,为探索其活性成分生物合成提供参考。方法:利用RNA-Seq技术对天冬的根、茎、叶进行转录组测序并分析。结果:从天冬转录组中共获得169319条isoforms,最终有147762条isoforms在公共数据库中注释成功。非冗余蛋白(NR)数据库结果显示,天冬与石刁柏Asparagus officinalis L.同源性最高;真核生物相邻类的聚簇(KOG)功能注释信息334380条,可分为25个基因功能大类;京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析显示,代谢相关的通路分布最多,为74095条。在注释到的54个转录因子家族中,MYB家族数目最多,共309条。在所有isoform中共检测到48042个简单重复序列位点,从单核苷酸到六核苷酸重复单元均有分布。结论:获得了较为可靠的天冬全长转录组数据,可为深入研究天冬生物学特性、相关代谢途径、信号通路及其分子机制提供数据支持。 相似文献
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仙草是我国南方地区重要的药食同源植物,含有多糖、黄酮类化合物、三萜类化合物、矿物质、氨基酸、维生素等成分,是天然、安全、营养食品的理想原料。近年来,随着国家政策的支持和社会的发展,仙草产业发展规模有序扩大,逐渐成为研究热点。介绍其形态、分布和生长习性;针对广西地理气候条件,结合广西仙草生产种植经验,对其保育关键技术进行总结。广西已形成了较为完善的品种选择-种苗繁育-生产种植-采收储藏-种苗种子保育生产模式,做到了“在利用中保护、在保护中利用”的良性循环。对仙草保育过程存在的问题进行了分析,以期为仙草保育学研究和广西仙草产业发展提供参考。 相似文献
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