灯盏花MYB基因克隆及其荧光表达载体的构建

目的克隆灯盏花MYB基因的全长序列,为解析灯盏花MYB基因的功能奠定基础。方法根据灯盏花转录组的相关信息,利用RACE方法从灯盏花中克隆到一个可能参与灯盏花乙素合成的MYB基因,在对其cDNA序列、核苷酸序列的相似性、理化性质、疏水性、跨膜结构、二级结构及三级结构进行分析预测的基础上,对其进行多序列比对并构建系统树。同时,还构建了该基因与绿色荧光蛋白的融合表达载体,并进行了初步转化研究。结果克隆获得灯盏花MYB基因,命名为ebMYB06,其开放阅读框为783 bp,编码260个氨基酸残基,相对分子质量为63 800,理论等电点(p I)为5.18,属稳定蛋白。其蛋白二级结构主要由无规卷曲、α-螺旋和β-折叠构成。根据灯盏花MYB与拟南芥MYB(AtMYB)的系统树比对分析结果,发现ebMYB基因与拟南芥中的AtMYB4、7、32、6、8和AtMYB11、12、111 2亚群的基因聚类,推测所克隆基因在结构或功能上,可能与这两组具有共同性。实验还表明所构建的表达可用于灯盏花的高效转化。结论首次从灯盏花中克隆到可能参与其苯丙烷代谢或环境响应调控的MYB基因。     

低氮胁迫灯盏花全植株的转录组文库构建及其测序

目的为探寻药用植物灯盏花Erigeron breviscapus的遗传背景,利用低氮胁迫的灯盏花全植株构建了转录组文库,并利用新一代测序技术进行测序。方法采用改良异硫氰酸胍-CTAB法,提取低氮胁迫灯盏花植株及其对照植株的总RNA,经富集m RNA、打断、构建测序用c DNA文库。结果通过测序,低氮和正常样本分别获得3 587万条和2 582万条测序读长(raw reads),总数据量超过6 G,碱基错误率低于1%(Q20)的数据分别为98.37%和98.67%。经de novo组装,总共得到101、156条Unigene,平均读长768 bp,N50为1 290 bp,其中44.39%长度超过500 bp。101、156条Unigene中,58.86%在公共数据库中比对到相似序列,89.08%Unigene在Nr数据库比对到相似序列。得到灯盏花黄酮类合成途径中包括苯丙氨酸解氨酶(PAL)、肉桂酰-4-羟化酶(C4H)、查耳酮合成酶(CHS)、查耳酮异构酶(CHI)、黄烷酮3-羟化酶(F3H)、类黄酮3′-羟化酶(F3′H)、花色素还原酶(ANS)等序列。结论灯盏花的转录组信息得到较好的保存,为下一步灯盏花遗传环境互作研究及分子辅助育种奠定基础。