基于网络药理学和分子对接的荆防败毒散预防新型冠状病毒肺炎的活性成分研究

目的 运用网络药理学和分子对接方法,预测荆防败毒散预防新型冠状病毒肺炎（COVID-19）的活性成分,为临床用药提供参考。方法 通过中药系统药理学分析平台,检索荆防败毒散组方中所有药材的化学成分和作用靶点。通过Uniprot数据库校正靶点对应的基因,利用Cytoscape软件构建药材-成分-靶点网络并进行可视化处理,利用疾病数据库检索COVID-19相关的靶点,筛选出重合的靶点,通过String数据库构建蛋白-蛋白相互作用网络。通过Metascape进行GO富集分析和KEGG通路富集分析,预测其作用机制,通过分子对接,计算核心成分在预防新型冠状病毒肺炎的作用强度。结果 限定筛选条件为口服生物利用度（OB）≥30%、类药性（DL）≥0.18,共得到荆防败毒散的159个活性成分和277个靶点,与获得的273个COVID-19相关的靶点取交集,得到55个核心靶点;对核心靶点进行GO富集分析和KEGG通路富集分析,得到GO条目1376个和136条信号通路,涉及感染性疾病、癌症、细胞进程、免疫系统、信号等通路。分子对接结果显示荆防败毒散核心成分与SARS-CoV-2 3CL水解酶、血管紧张素转化酶II（ACE2）具有较强的结合能力,结合形式有氢键、疏水作用。结论 荆防败毒散中的活性成分能通过抑制新型冠状病毒（SARS-CoV-2）蛋白,ACE2结合,通过对多靶点、多通路的作用发挥对COVID-19的防治作用。     

基于网络药理学和分子对接技术探讨柴银颗粒抗冠状病毒感染潜在分子机制

目的基于网络药理学和分子对接分析柴银颗粒抗冠状病毒感染的分子机制。方法从TCMSP数据库中获取柴银颗粒成分,其潜在靶点以及冠状病毒作用靶点分别利用SwissTargetPrediction数据库和GeneCards数据库获取。通过绘制韦恩图发现柴银颗粒抗冠状病毒感染的潜在药效成分和作用靶点。潜在药效成分-作用靶点网络和潜在作用靶点的互作网络可视化由Cytoscape 3.7.0软件完成。GO功能和KEGG通路分析在String数据库中进行。潜在药效成分和关键靶点的分子对接由autodock vina 1.1.2实现。结果发现了柴银颗粒抗冠状病毒感染的51个潜在药效成分和14个潜在作用靶点。生物信息学分析发现PI3K-Akt、IL-17等信号通路与柴银颗粒抗冠状病毒感染的分子机制相关。分子对接结果显示柴银颗粒中的黄芩苷等成分与NTRK2等靶点的亲和力强。结论柴银颗粒中的黄芩苷、荜澄茄素、黄连碱等作用于NTRK2、PRKCα、TNF等,调节PI3K-Akt/m TOR、Erb B/Ras和IL-17等信号通路抑制冠状病毒的侵袭和复制,增强宿主免疫能力,实现抗冠状病毒感染。     

基于生物信息技术的荆防颗粒治疗冠状病毒感染疾病机制探析

目的采用网络药理学及分子对接等生物信息技术研究荆防颗粒治疗冠状病毒感染性疾病的机制。方法在TCMIP、TCMSP数据库中查询荆防颗粒药材的性味归经及成分,并通过Pub Chem、Swiss Target Prediction数据库得到成分对应的靶点信息;在Gene Cards数据库中收集冠状病毒相关靶点。成分靶点和疾病靶点交集后使用DAVID数据库对共有靶点进行富集分析。利用Cytoscape 3.7.2软件绘制"药材-成分-共有靶点"网络图,筛选荆防颗粒中的主要活性成分与关键靶点进行分子对接验证。结果共获得荆防颗粒活性成分139个,与冠状病毒共同的靶点27个,GO分析和KEGG信号通路发现,荆防颗粒治疗冠状病毒感染性疾病主要涉及癌症信号通路、MAPK信号通路、PI3K-Akt信号通路、TNF信号通路。成功构建了"药材-成分-共有靶点"网络,分子对接结果显示该网络中的关键成分如β-谷甾醇、啤酒甾醇、异鼠李素、橙皮素、木犀草素等与关键靶点VEGFA、IL6、TNF、PPARγ、APP、ACE2及SARS-Co V-2 3CL水解酶的亲和力较好。结论荆防颗粒通过多味中药配伍发挥治疗冠状病毒感染性疾病的作用,其抗冠状病毒感染机制可能是通过β-谷甾醇、啤酒甾醇、异鼠李素、橙皮素、木犀草素等成分作用于VEGFA、IL6、TNF、PPARγ、APP等靶点,调控癌症信号通路、MAPK信号通路、PI3K-Akt信号通路、TNF信号通路实现。